1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...cacacaatgtcttggccgattttctctctcactctgtacacagagacaaccatgccgtggctccaggtcttcttattttcttaacattatgttattccagATGCCTCAAAAAATGGTGTTGCACAAGAGACAATTCAAAATACTATCCGCAGAGCTAGCAAGGTGATGACGGAGCAAGAGGCTCGACGGATTCTTGGTGT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G27940.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGAATCTTGGCAAGAGCAGTTGTTCAGGCATATCGTCAAGCGCTTACTA ATGCCTCAAAAAATGGTGTTGCACAAGAGACAATTCAAAATACTATCCGCAEST: gi|17401817|gb|BM178599.1|BM178599
genomic: AGGAATCTTGGCAAGAGCAGTTGTTCAGGCATATCGTCAAGCGCTTACTAgtaagccttt ... gttattccagATGCCTCAAAAAATGGTGTTGCACAAGAGACAATTCAAAATACTATCCGCA
EST: AGGAATCTTGGCAAGAGCAGTTGTTCAGGCATATCGTCAAGCGCTTACTA ATGCCTCAAAAAATGGTGTTGCACAAGAGACAATTCAAAATACTATCCGCA
genomic: AGGAATCTTGGCAAGAGCAGTTGTTCAGGCATATCGTCAAGCGCTTACTAgtaagccttt ... gttattccagATGCCTCAAAAAATGGTGTTGCACAAGAGACAATTCAAAATACTATCCGCA
acaaccatgccgtggctccaggtcttcttattttcttaacattatgttattccagATGCCTCAAAAAATGGTGTTGCACAAGAGACAATTCAAAATACTATCCGCAGAGCTAGCAAGGTGATGACGGAGCAAGAGGCTCGACGGATTCTTGGTGT
tcttaac putative branch site (score: 2)
ttattcc putative PPT
ttcttattttcttaac TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cacacaatgtcttggccgattttctctctcactctgtacacagagacaaccatgccgtggctccaggtcttcttattttcttaacattatgttattccagATGCCTCAAAAAATGGTGTTGCACAAGAGACAATTCAAAATACTATCCGCAGAGCTAGCAAGGTGATGACGGAGCAAGAGGCTCGACGGATTCTTGGTGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG