Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttaatattaatattatcctcatcattgatacttttcttgtcatcatgtgtatgttgcctgatttataggttttatgtctattttgcatggtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGACTACCATGGCTGTGATTTCTTTCCTGAGCGTTGGTTTGATTGCGTGGTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G27430.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G27430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os07g22950.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
tttaatattaatattatcctcatcattgatacttttcttgtcatcatgtgtatgttgcctgatttataggttttatgtctatt---ttgcatggtttttg-tagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGACTACCATGGCTGTGATTTCTTTCCTGAGCGTTGGTTTGATTGCGTGGTTG
    | || | |  |     || | |||  | ||   |     |    ||||| |    |  ||| | ||||  |  |  | |   | |     ||||||  ||||||| ||||| |||||||| || |||||||| || || |   | || || |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||    || ||||
--gtacatgattggttgttccaactttgcaaattgcttaa--gttggctgtatatcatttcttttgttggttagaattgcactgaatggttccttttttgacagGTTTGCGATGAGCTTGAGGACGTGATGGAAGAAGGTGGTATACTAGTAGATTACCATGGATGTGATTTCTTTCCAGAACGTTGGTTTGACCTTGTAGTTG

upper sequence: GLYMA16G27430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os07g22950.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
tttaatattaatattatcctcatcattgatacttttcttgtcatcatgtgtatgttgcctgatttataggttttatgtctattttgcatggtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGG--ACTACCATGGCTGTGATTTCTTTCCTGAGCGTTGGTTTGATTGCGTGGTTG
                                                                                     |     |  | |||| ||    ||| |  |||     ||   |||    ||    || |||| |       |    | |  |  ||  | |||   | | | |||| |  |  |   
-------------------------------------------------------------------------------------gtggtatactagtagatt-accatggatgtgatttctttccagaacgttggtttgaccttgtagttgtgctccaaacagATAACTCAATTCTGCATGATCGCTTGACTA-GCAG---

upper sequence: GLYMA16G27430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT5G60340.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
------------------------------------------------------------tttaa--tattaatattatcctcatcattgatacttttcttg-tcatcatgtgtatgttgcctgatttat-aggttttatgtctattttgcatggtttttgtagGTTTG-----TGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGACTACCATGGCTGTGATTTCTTTCCTGAGCGTTGGTTTGATTGCGTGGTTG
                                                            ||| |    ||  ||  ||| | | | |   |  ||   ||| | |  || || ||       ||   || ||  ||  |  |||| ||| || |   |||| | |  |     |||||| ||||| |||| ||||  ||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||| || |
gttagtttcttactccatccctatccctttatcctccttatttccttgtcaacaaaacactttgaaccgttgctagaatcttaagcttcactctttagtttgataaagatttggattcaattcgaagaattagccttcttagctatattgtattgaacttgtggatcagGTGATTGATGAGCTTGACGATGCTATGATAGAAGGAGGGAACATTGTGGACTACCATGGCTGTGACTTCTTTCCTCAGCGATGGTTTGATCGCGTTGTCG

upper sequence: GLYMA16G27430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv06s0004g03280.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
tttaatattaatatt--atcctcatcattgatacttttcttgtca-tcatgtgtatgttgcctga-tttataggttttatgtctattttgcatggtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGACTACCATGGCTGTGATTTCTTTCCTGAGCGTTGGTTTGATTGCGTGGTTG
    || | | | ||  || || ||| ||  ||   ||   |||| |||| || || ||   |   ||| |    | |  | | ||||||  ||||||||| |||| || ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||| |
---tatctcactgtttgatgcttatcttttgtagaattacagtcaatcatatgcatcttaattccctttgttaaatcttcgac-attttgtgtggtttttgcagGTGTGCGATGAGCTCGAGGATTTGATGGAAGAAGGGGGAAACATTGTGGACTACCATGGTTGTGATTTCTTCCCTGAGCGATGGTTTGATCGTGTGGTGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213619568|gb|DB963734.1|DB963734
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193535354|gb|FK489994.1|FK489994
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298193921|gb|HO040569.1|HO040569
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|207731652|gb|GD707125.1|GD707125
EST:     TGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: TGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|31307006|gb|CD392209.1|CD392209
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298192839|gb|HO033273.1|HO033273
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192332213|gb|FK023862.1|FK023862
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298183620|gb|HO028833.1|HO028833
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298173803|gb|HO017139.1|HO017139
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254317987|gb|GR832155.1|GR832155
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298196424|gb|HO041167.1|HO041167
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254331451|gb|GR845923.1|GR845923
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192311583|gb|FK004838.1|FK004838
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192316022|gb|FK007125.1|FK007125
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193401672|gb|FK366345.1|FK366345
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254325388|gb|GR838269.1|GR838269
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192317805|gb|FK009397.1|FK009397
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193402064|gb|FK368851.1|FK368851
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGG-AAACATTGTG-AC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|208329836|gb|GE128869.1|GE128869
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193427421|gb|FK393503.1|FK393503
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298193545|gb|HO034151.1|HO034151
EST:     ATGATGGGTGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|151401187|gb|EV271001.1|EV271001
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254325389|gb|GR838270.1|GR838270
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254323438|gb|GR840135.1|GR840135
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298178466|gb|HO024201.1|HO024201
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193670198|gb|FK609452.1|FK609452
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193548257|gb|FK505250.1|FK505250
EST:     ATGACGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192318020|gb|FK009472.1|FK009472
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254317988|gb|GR832156.1|GR832156
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254347363|gb|GR853612.1|GR853612
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtgtatgttgcctgatttataggttttatgtctattttgcatggtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGACTACCATGGCTGTGATTTCTTTCCTGAGCGTTGGTTTGATTGCGTGGTTG
           gcctgat  putative branch site (score: 4)
                                              tttttgt  putative PPT
                atttataggttttat  TA-rich tract