Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttaatattaatattatcctcatcattgatacttttcttgtcatcatgtgtatgttgcctgatttataggttttatgtctattttgcatggtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGACTACCATGGCTGTGATTTCTTTCCTGAGCGTTGGTTTGATTGCGTGGTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G27430.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G27430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os07g22950.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
tttaatattaatattatcctcatcattgatacttttcttgtcatcatgtgtatgttgcctgatttataggttttatgtctatt---ttgcatggtttttg-tagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGACTACCATGGCTGTGATTTCTTTCCTGAGCGTTGGTTTGATTGCGTGGTTG
    | || | |  |     || | |||  | ||   |     |    ||||| |    |  ||| | ||||  |  |  | |   | |     ||||||  ||||||| ||||| |||||||| || |||||||| || || |   | || || |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||    || ||||
--gtacatgattggttgttccaactttgcaaattgcttaa--gttggctgtatatcatttcttttgttggttagaattgcactgaatggttccttttttgacagGTTTGCGATGAGCTTGAGGACGTGATGGAAGAAGGTGGTATACTAGTAGATTACCATGGATGTGATTTCTTTCCAGAACGTTGGTTTGACCTTGTAGTTG

upper sequence: GLYMA16G27430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os07g22950.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
tttaatattaatattatcctcatcattgatacttttcttgtcatcatgtgtatgttgcctgatttataggttttatgtctattttgcatggtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGG--ACTACCATGGCTGTGATTTCTTTCCTGAGCGTTGGTTTGATTGCGTGGTTG
                                                                                     |     |  | |||| ||    ||| |  |||     ||   |||    ||    || |||| |       |    | |  |  ||  | |||   | | | |||| |  |  |   
-------------------------------------------------------------------------------------gtggtatactagtagatt-accatggatgtgatttctttccagaacgttggtttgaccttgtagttgtgctccaaacagATAACTCAATTCTGCATGATCGCTTGACTA-GCAG---

upper sequence: GLYMA16G27430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT5G60340.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
------------------------------------------------------------tttaa--tattaatattatcctcatcattgatacttttcttg-tcatcatgtgtatgttgcctgatttat-aggttttatgtctattttgcatggtttttgtagGTTTG-----TGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGACTACCATGGCTGTGATTTCTTTCCTGAGCGTTGGTTTGATTGCGTGGTTG
                                                            ||| |    ||  ||  ||| | | | |   |  ||   ||| | |  || || ||       ||   || ||  ||  |  |||| ||| || |   |||| | |  |     |||||| ||||| |||| ||||  ||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||| || |
gttagtttcttactccatccctatccctttatcctccttatttccttgtcaacaaaacactttgaaccgttgctagaatcttaagcttcactctttagtttgataaagatttggattcaattcgaagaattagccttcttagctatattgtattgaacttgtggatcagGTGATTGATGAGCTTGACGATGCTATGATAGAAGGAGGGAACATTGTGGACTACCATGGCTGTGACTTCTTTCCTCAGCGATGGTTTGATCGCGTTGTCG

upper sequence: GLYMA16G27430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv06s0004g03280.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
tttaatattaatatt--atcctcatcattgatacttttcttgtca-tcatgtgtatgttgcctga-tttataggttttatgtctattttgcatggtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGACTACCATGGCTGTGATTTCTTTCCTGAGCGTTGGTTTGATTGCGTGGTTG
    || | | | ||  || || ||| ||  ||   ||   |||| |||| || || ||   |   ||| |    | |  | | ||||||  ||||||||| |||| || ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||| |
---tatctcactgtttgatgcttatcttttgtagaattacagtcaatcatatgcatcttaattccctttgttaaatcttcgac-attttgtgtggtttttgcagGTGTGCGATGAGCTCGAGGATTTGATGGAAGAAGGGGGAAACATTGTGGACTACCATGGTTGTGATTTCTTCCCTGAGCGATGGTTTGATCGTGTGGTGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193535354|gb|FK489994.1|FK489994
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|151413178|gb|EV282986.1|EV282986
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|151408294|gb|EV278102.1|EV278102
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298178466|gb|HO024201.1|HO024201
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254347362|gb|GR853611.1|GR853611
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192318019|gb|FK009471.1|FK009471
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|207731652|gb|GD707125.1|GD707125
EST:     TGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: TGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|31307006|gb|CD392209.1|CD392209
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192311583|gb|FK004838.1|FK004838
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254331450|gb|GR845922.1|GR845922
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|151409650|gb|EV279458.1|EV279458
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|7686359|gb|AW757007.1|AW757007
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192316022|gb|FK007125.1|FK007125
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|151401187|gb|EV271001.1|EV271001
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192294148|gb|FG986237.1|FG986237
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298193921|gb|HO040569.1|HO040569
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254331451|gb|GR845923.1|GR845923
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254317987|gb|GR832155.1|GR832155
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298183620|gb|HO028833.1|HO028833
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193401672|gb|FK366345.1|FK366345
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254325388|gb|GR838269.1|GR838269
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298191749|gb|HO035831.1|HO035831
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGACTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192317805|gb|FK009397.1|FK009397
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192294475|gb|FG987404.1|FG987404
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193402064|gb|FK368851.1|FK368851
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGG-AAACATTGTG-AC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298196424|gb|HO041167.1|HO041167
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|58018064|gb|CX704806.1|CX704806
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|208329836|gb|GE128869.1|GE128869
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193427421|gb|FK393503.1|FK393503
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254325389|gb|GR838270.1|GR838270
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254323438|gb|GR840135.1|GR840135
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|213619568|gb|DB963734.1|DB963734
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192316021|gb|FK007124.1|FK007124
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193670198|gb|FK609452.1|FK609452
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193548257|gb|FK505250.1|FK505250
EST:     ATGACGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192318020|gb|FK009472.1|FK009472
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298193545|gb|HO034151.1|HO034151
EST:     ATGATGGGTGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254317988|gb|GR832156.1|GR832156
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298173730|gb|HO017066.1|HO017066
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298192839|gb|HO033273.1|HO033273
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192295693|gb|FG990547.1|FG990547
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254347363|gb|GR853612.1|GR853612
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298173803|gb|HO017139.1|HO017139
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtgtatgttgcctgatttataggttttatgtctattttgcatggtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGACTACCATGGCTGTGATTTCTTTCCTGAGCGTTGGTTTGATTGCGTGGTTG
           gcctgat  putative branch site (score: 4)
                                              tttttgt  putative PPT
                atttataggttttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttaatattaatattatcctcatcattgatacttttcttgtcatcatgtgtatgttgcctgatttataggttttatgtctattttgcatggtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGACTACCATGGCTGTGATTTCTTTCCTGAGCGTTGGTTTGATTGCGTGGTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - cttgtca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgcc