1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...caaagggtttagttttacaaattaatttttgatatgggttcctttccaaacaatttatggagggatctctttttacacatacatgcacgtatattgtcagCATGCATGGCGATATAGGGTTTGGGACGACACATGGTTAAAAACAGTGGCGTAGGGTATTAGCCCTTTGACTGGCGATACATGCAATGACGTGGAAAGGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G24560.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGTTATGGGTCGATGATTGTTGGGTTATTGTCGTCGTCAATACACCCAG CATGCATGGCGATATAGGGTTTGGGACGACACATGGTTAAAAACAGTGGCEST: gi|254318251|gb|GR832419.1|GR832419
genomic: GTGTTATGGGTCGATGATTGTTGGGTTATTGTCGTCGTCAATACA-CCAGgtatgttgtt ... atattgtcagCATGCATGGCGATATAGGGTTTGGGACGACACATGGTTAAAAACAGTGGC
EST: AGTGTTATGGGTCGATGATTGTTGGGTTATTGTCGTCGTCAATACACCAG CATGCATGGCGATATAGGGTTTGGGACGACACATGGTTAAAAACAGTGGCG
genomic: AGTGTTATGGGTCGATGATTGTTGGGTTATTGTCGTCGTCAATACACCAGgtatgttgtt ... atattgtcagCATGCATGGCGATATAGGGTTTGGGACGACACATGGTTAAAAACAGTGGCG
ccaaacaatttatggagggatctctttttacacatacatgcacgtatattgtcagCATGCATGGCGATATAGGGTTTGGGACGACACATGGTTAAAAACAGTGGCGTAGGGTATTAGCCCTTTGACTGGCGATACATGCAATGACGTGGAAAGGA
aatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caaagggtttagttttacaaattaatttttgatatgggttcctttccaaacaatttatggagggatctctttttacacatacatgcacgtatattgtcagCATGCATGGCGATATAGGGTTTGGGACGACACATGGTTAAAAACAGTGGCGTAGGGTATTAGCCCTTTGACTGGCGATACATGCAATGACGTGGAAAGGA
- - - - - - - - - - - - - - -tgatatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctttcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggaggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgcac