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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgatttatgcattggctattggaaaagttttgtgctgctggctatgacaatgtgttgtccttggaagtttttaaaccaagttttctgttttccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCGCGGCTGCTGCTGCTTATGGTGCTCACCATGTCTCTCATGGCTCCCATGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G08360.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7232824|gb|AW568177.1|AW568177
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|7145785|gb|AW507707.1|AW507707
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|11688314|gb|BF595990.1|BF595990
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|23726620|gb|BU761309.1|BU761309
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|298182935|gb|HO028148.1|HO028148
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|298184216|gb|HO029429.1|HO029429
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|58016935|gb|CX703677.1|CX703677
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|298194527|gb|HO042999.1|HO042999
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|298190459|gb|HO032580.1|HO032580
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCCACCGGGGGTGCTGCC
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTC-ACCGGGGGTGCTGCC
EST: gi|5753561|gb|AI960848.1|AI960848
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGATGGTGCTGCCG
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EST: gi|213602261|gb|DB958521.1|DB958521
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|7146678|gb|AW508600.1|AW508600
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|254318754|gb|GR830318.1|GR830318
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|254328304|gb|GR835269.1|GR835269
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|298194953|gb|HO043425.1|HO043425
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|213588479|gb|DB961596.1|DB961596
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|254328303|gb|GR835268.1|GR835268
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|298195285|gb|HO043813.1|HO043813
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|298164576|gb|HO014221.1|HO014221
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|213601662|gb|DB972398.1|DB972398
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|298189815|gb|HO038218.1|HO038218
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|298199116|gb|HO042479.1|HO042479
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|254322223|gb|GR837637.1|GR837637
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|254318753|gb|GR830317.1|GR830317
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|16105373|gb|BI893113.1|BI893113
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|213587753|gb|DB955615.1|DB955615
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|298177741|gb|HO023760.1|HO023760
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|298186543|gb|HO037176.1|HO037176
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|298184902|gb|HO030115.1|HO030115
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGGGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|298186941|gb|HO034040.1|HO034040
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCCACCGGGGGTGCTGCC
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTC-ACCGGGGGTGCTGCC
EST: gi|298177147|gb|HO027042.1|HO027042
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
EST: gi|254322224|gb|GR837638.1|GR837638
EST:     TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAG                         GTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG
genomic: TCCTGCTGGTTACCCACCAGCTGGTTATCCTGGTTCATCTCATGCACCAGgtatataaat ... tccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gacaatgtgttgtccttggaagtttttaaaccaagttttctgttttccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCGCGGCTGCTGCTGCTTATGGTGCTCACCATGTCTCTCATGGCTCCCATGG
                                   ttttctgttttcccca  CT-rich tract
                   aagtttttaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgatttatgcattggctattggaaaagttttgtgctgctggctatgacaatgtgttgtccttggaagtttttaaaccaagttttctgttttccccaccagGTTCTCATGGGCACGGCGGCATGGGAGCAATGCTCACCGGGGGTGCTGCCGCGGCTGCTGCTGCTTATGGTGCTCACCATGTCTCTCATGGCTCCCATGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - -tatgcat
- - - - - - - gctattg
- - - - - - - - - - - - - - - -gtgctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaccaag