Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atgatcatagtctaaagatgcagcttgttttataactagaaatttctttgttttaataatactgttgtctaagcatcttatatattcaatgccgtggcagGTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGTGGAAGAGAGACAAATGATGCAATTTCTGCAGCCTATGATGCATATGGAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G41690.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193599824|gb|FK552921.1|FK552921
EST:     GCCTTATTGGAGGGAAATGGAGTGATGCTTATGATGGCAAAACCATAAAG                         GTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGT
genomic: GCCTTATTGGAGGGAAATGGAGTGATGCTTATGATGGCAAAACCATAAAGgtatacatgt ... gccgtggcagGTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGT
EST: gi|213596335|gb|DB960236.1|DB960236
EST:     GCCTTGTTGGAGGGAAATGGAGTGATGCTTATGATGGCAAAACCATAAAG                         GTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGT
genomic: GCCTTATTGGAGGGAAATGGAGTGATGCTTATGATGGCAAAACCATAAAGgtatacatgt ... gccgtggcagGTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGT
EST: gi|213614121|gb|DB964893.1|DB964893
EST:     GCCTTGTTGGAGGGAAATGGAGTGATGCTTATGATGGCAAAACCATAAAG                         GTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGT
genomic: GCCTTATTGGAGGGAAATGGAGTGATGCTTATGATGGCAAAACCATAAAGgtatacatgt ... gccgtggcagGTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGT
EST: gi|193681914|gb|FK623754.1|FK623754
EST:     GCCTTATTGGAGGGAAATGGAGTGATGCTTATGATGGCAAAACCATAAAG                         GTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGT
genomic: GCCTTATTGGAGGGAAATGGAGTGATGCTTATGATGGCAAAACCATAAAGgtatacatgt ... gccgtggcagGTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGT
EST: gi|209725352|gb|BW651520.1|BW651520
EST:     GCCTTGTTGGAGGGAAATGGAGTGATGCTTATGATGGCAAAACCATAAAG                         GTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGT
genomic: GCCTTATTGGAGGGAAATGGAGTGATGCTTATGATGGCAAAACCATAAAGgtatacatgt ... gccgtggcagGTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGT
EST: gi|209708413|gb|BW665388.1|BW665388
EST:     GCCTTGTTGGAGGGAAATGGAGTGATGCTTATGATGGCAAAACCATAAAG                         GTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGT
genomic: GCCTTATTGGAGGGAAATGGAGTGATGCTTATGATGGCAAAACCATAAAGgtatacatgt ... gccgtggcagGTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGT
EST: gi|15337286|gb|BI497942.1|BI497942
EST:     GCCTTATTGGAGGGAAATGGAGTGATGCTTATGATGGCAAAACCATAAAG                         GTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGT
genomic: GCCTTATTGGAGGGAAATGGAGTGATGCTTATGATGGCAAAACCATAAAGgtatacatgt ... gccgtggcagGTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGT
EST: gi|151395152|gb|EV265023.1|EV265023
EST:     GCCTTATTGGAGGGAAATGGAGTGATGCTTATGATGGCAAAACCATAAAG                         GTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGT
genomic: GCCTTATTGGAGGGAAATGGAGTGATGCTTATGATGGCAAAACCATAAAGgtatacatgt ... gccgtggcagGTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttgttttaataatactgttgtctaagcatcttatatattcaatgccgtggcagGTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGTGGAAGAGAGACAAATGATGCAATTTCTGCAGCCTATGATGCATATGGAT
     ttttaat  putative branch site (score: 3)
     ttttaataatactgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atgatcatagtctaaagatgcagcttgttttataactagaaatttctttgttttaataatactgttgtctaagcatcttatatattcaatgccgtggcagGTTTATAATCCAGCAACTGGTGAATCTATTGTAGATGTTGCATGCATGGGTGGAAGAGAGACAAATGATGCAATTTCTGCAGCCTATGATGCATATGGAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - tgcagct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgtc