1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...atatgcacaaaattttagagtcttgcagattgggtttttcgttgtgttgaattgtgtgctcactttgaaatggggtttgaatgtggtgtttgatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTTCAAGAATTTGGATAAGCTTGTGAAGAGAATAGATGGGGATATTTTGTCC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G17840.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTCATGCTTTGACTCAAGGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTTEST: gi|7693170|gb|AW761267.1|AW761267
genomic: GTTCATGCTTTGACTCAAGGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... tgatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
EST: GTTCATGCTTTGACTCAAGGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTTEST: gi|23728829|gb|BU762478.1|BU762478
genomic: GTTCATGCTTTGACTCAAGGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... tgatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
EST: GGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTTEST: gi|151408833|gb|EV278641.1|EV278641
genomic: GGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... tgatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
EST: GTTCATGCTTTGACTCAAGGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTTEST: gi|151401061|gb|EV270875.1|EV270875
genomic: GTTCATGCTTTGACTCAAGGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... tgatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
EST: GTTCATGCTTTGACTCAAGGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTTEST: gi|298198745|gb|HO042108.1|HO042108
genomic: GTTCATGCTTTGACTCAAGGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... tgatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
EST: GTTCATGCTTTGACTCAAGGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTTEST: gi|33389848|gb|CA853055.1|CA853055
genomic: GTTCATGCTTTGACTCAAGGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... tgatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
EST: GGGTCNTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTTEST: gi|24135432|gb|BU925942.1|BU925942
genomic: GGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... tgatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
EST: GTTCATGCTTTGACTCAAGGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTTEST: gi|192300523|gb|FG991505.1|FG991505
genomic: GTTCATGCTTTGACTCAAGGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... tgatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
EST: GTTCATGCTTTGACTCAAGGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCATTTEST: gi|298168531|gb|HO009461.1|HO009461
genomic: GTTCATGCTTTGACTCAAGGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... tgatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
EST: GTTCATGCTTTGACTCAAGGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
genomic: GTTCATGCTTTGACTCAAGGGTCGTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... tgatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
gttgaattgtgtgctcactttgaaatggggtttgaatgtggtgtttgatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTTCAAGAATTTGGATAAGCTTGTGAAGAGAATAGATGGGGATATTTTGTCC
tttgaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atatgcacaaaattttagagtcttgcagattgggtttttcgttgtgttgaattgtgtgctcactttgaaatggggtttgaatgtggtgtttgatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGAAGAGGATGGAGGCAGCAATTATTCTCAGCAGTTCAAGAATTTGGATAAGCTTGTGAAGAGAATAGATGGGGATATTTTGTCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
-tatgcac
- - - - - - - - - - tcttgca
- - - - - - - - - - - - - - - -gggtttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gggtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtggtg