1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gttagcaatcttatccttgaaatttaaattaaagaggaaataaaataaaaacaattataaaagtcaacctttttgtgtttgcaattgtgtttttcttctgaacttatgtggggtggactgtcaaccaatcagGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAGCTCTGCTCCTTATGATTGTAATGATAATGGATTGTGTCACGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G10460.3 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAG GCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAGEST: gi|298190400|gb|HO032521.1|HO032521
genomic: ATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAGgttagcaatc ... aaccaatcagGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAG
EST: ATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAG GCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAGEST: gi|22541410|gb|BU091253.1|BU091253
genomic: ATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAGgttagcaatc ... aaccaatcagGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAG
EST: ATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAG GCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGNTTACATCAAGEST: gi|9258484|gb|BE346631.1|BE346631
genomic: ATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAGgttagcaatc ... aaccaatcagGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAG
EST: ATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAG GCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAGEST: gi|6454692|gb|AW185375.1|AW185375
genomic: ATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAGgttagcaatc ... aaccaatcagGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAG
EST: ATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAG GCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAGEST: gi|298194851|gb|HO043323.1|HO043323
genomic: ATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAGgttagcaatc ... aaccaatcagGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAG
EST: ATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAG GCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAGEST: gi|298165770|gb|HO008741.1|HO008741
genomic: ATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAGgttagcaatc ... aaccaatcagGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAG
EST: ATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAG GCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAG
genomic: ATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAGgttagcaatc ... aaccaatcagGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAG
tttgcaattgtgtttttcttctgaacttatgtggggtggactgtcaaccaatcagGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAGCTCTGCTCCTTATGATTGTAATGATAATGGATTGTGTCACGAG
tttttctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagcaatcttatccttgaaatttaaattaaagaggaaataaaataaaaacaattataaaagtcaacctttttgtgtttgcaattgtgtttttcttctgaacttatgtggggtggactgtcaaccaatcagGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAGCTCTGCTCCTTATGATTGTAATGATAATGGATTGTGTCACGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT