Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactgtactcactgcttgcaaaaaccatgatcctattttttatttattttttgttaatataaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGACATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGCAGTTGCAGTTGGATCTTCATACTATCATCTCAAGCCAGACGATGCTCGC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G05100.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G05100.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv12s0034g02170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
----------------------------------gtactgtactcactgcttgcaaaaaccatgatcctattttttatttatttt-----ttgttaatataaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGACATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGCAGTTGCAGTTGGATCTTCATACTATCATCTCAAGCCAGACGATGCTCGC
                                   | ||| | ||    |||   |  |        ||  |||| || |  |||     ||   |    |||||||||||||||| || |||||||||||||  || |   |||| |||||||| |||| | |||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||| || 
gtaatatggtgattgtaattacagatgaattattatgctgaattctaaacttagtaggattggatcactgattttgatgttctttcaatatttcgagccaaaagCTTGCAAGGTGAGCTTTGGGGCTGGACATTTTTTTTCATTGGTGTGGCTGCTGTTGGAATTGGATCTTCTTACTATCATCTCAAACCAAATGATGCACGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298195343|gb|HO039174.1|HO039174
EST:     GGCCTCGTTGGACTTGTACTCTGTCATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAG                         CTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGACATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGC
genomic: GGCCTCGTTGGACTTGTACTCTGTCATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAGgtactgtact ... taatataaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGACATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGC
EST: gi|18734259|gb|BM528080.1|BM528080
EST:     GGCCTCGTTGGACTTGTACTCTGTCATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAG                         CTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGACATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGC
genomic: GGCCTCGTTGGACTTGTACTCTGTCATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAGgtactgtact ... taatataaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGACATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGC
EST: gi|26045603|gb|CA783140.1|CA783140
EST:     GGCCTCGTTGGACTTGTACTCTGTCATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAG                         CTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGACATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGC
genomic: GGCCTCGTTGGACTTGTACTCTGTCATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAGgtactgtact ... taatataaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGACATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGC
EST: gi|298193280|gb|HO033714.1|HO033714
EST:     GGCCTCGTTGGACTTGTACTCTGTCATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAG                         CTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGCCATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGC
genomic: GGCCTCGTTGGACTTGTACTCTGTCATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAGgtactgtact ... taatataaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGACATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGC
EST: gi|24206065|gb|BU965318.1|BU965318
EST:     GGCCTCGTTGGACTTGTACTCTGTCATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAG                         CTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGACATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGC
genomic: GGCCTCGTTGGACTTGTACTCTGTCATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAGgtactgtact ... taatataaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGACATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGC
EST: gi|9898820|gb|BE607788.1|BE607788
EST:     GGCCTCGTTGGACTTGTACTCTGTCATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAG                         CTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGACATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGC
genomic: GGCCTCGTTGGACTTGTACTCTGTCATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAGgtactgtact ... taatataaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGACATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGC
EST: gi|298199382|gb|HO042745.1|HO042745
EST:     GGCCTCGTTGGACTTGTACTCTGTCATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAG                         CTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGACATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGC
genomic: GGCCTCGTTGGACTTGTACTCTGTCATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAGgtactgtact ... taatataaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGACATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cactgcttgcaaaaaccatgatcctattttttatttattttttgttaatataaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGCTGGACATGCTTCTATGTTGGCGTGGCTGCAGTTGCAGTTGGATCTTCATACTATCATCTCAAGCCAGACGATGCTCGC
                                     ttttttgtt  CT-rich tract
                 atgatcctatttttta  TA-rich tract