1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...aaggtatcaggcatgcgtgtcttgtgcttgcatctttctatcctaatgttctttcttttatttttcatattgaccttaattctgttgatacactttgcagGCTAGACGAGCTTTGAGGGCTTTGAGGGCAGTGGTAAGGCTACAAGCTATTTTTAGAGGCCGGCTAGTCAGGAAGCAAGCAGCTGTTACTCTAAGATGCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G02940.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTTCGAGCCTTCTTG GCTAGACGAGCTTTGAGGGCTTTGAGGGCAGTGGTAAGGCTACAAGCTATT
genomic: GTTTCGAGCCTTCTTGgtaacctcat ... cactttgcagGCTAGACGAGCTTTGAGGGCTTTGAGGGCAGTGGTAAGGCTACAAGCTATT
atgttctttcttttatttttcatattgaccttaattctgttgatacactttgcagGCTAGACGAGCTTTGAGGGCTTTGAGGGCAGTGGTAAGGCTACAAGCTATTTTTAGAGGCCGGCTAGTCAGGAAGCAAGCAGCTGTTACTCTAAGATGCA
tttcttttatttttca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaggtatcaggcatgcgtgtcttgtgcttgcatctttctatcctaatgttctttcttttatttttcatattgaccttaattctgttgatacactttgcagGCTAGACGAGCTTTGAGGGCTTTGAGGGCAGTGGTAAGGCTACAAGCTATTTTTAGAGGCCGGCTAGTCAGGAAGCAAGCAGCTGTTACTCTAAGATGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - gcatgcg
- - - - - - - - -tgtcttg
- - - - - - - - - - - - -gcttgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctgttg