Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagattcaaataattctttcattcttaatcatactctttgattcatataacgttctaactggttactgcatccaacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTACAGACATGGCCTCACTCCACCCATGAGAGATGCTCGCAAGCGTAGATTTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G24450.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G24450.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv06s0004g00700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtcagattcaaataattcttt-cattcttaatcatactctttgattcatataacgttctaactggttactgcatccaaca-----aacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTACAGACATGGCCTCACTCCACCCATGAGAGATGCTCGCAAGCGTAGATTTC
       |  | |  |  ||  |||| ||   | |  | |||  | ||  |||     |   |  |||||    | |        ||||||||||||||||| | |||   |||||| |||||||||||||  | |||||  |||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| |||||||
------gtagagtgctgtttgacattatttgacttttttttttttacagttaagtgattgcttcattactaatgcaagttgttataacagATGATTATGGTGCGAGAAGAAGGTGATACTGCTCCAGATGTGGTGGAGTATCGACATGGCCTCACTCCTCCAATGAGGGATGCCCGAAAGCGAAGATTTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192298913|gb|FG987658.1|FG987658
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTAATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|192301050|gb|FG990120.1|FG990120
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTAATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|9565918|gb|BE475427.1|BE475427
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTAATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTC
EST: gi|151403794|gb|EV273604.1|EV273604
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACCCTTTAATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGACGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|24135596|gb|BU926106.1|BU926106
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTAATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|193377572|gb|FK338842.1|FK338842
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTAATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|23729172|gb|BU762672.1|BU762672
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|27427504|gb|CA939024.1|CA939024
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|20448941|gb|BQ253065.1|BQ253065
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTAATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|192299073|gb|FG992849.1|FG992849
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|298186585|gb|HO037218.1|HO037218
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|193659930|gb|FK605122.1|FK605122
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|37995684|gb|CF807273.1|CF807273
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTAATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|16342156|gb|BI967751.1|BI967751
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|31465829|gb|CD407857.1|CD407857
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGCTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|298164140|gb|HO013785.1|HO013785
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|254337576|gb|GR849422.1|GR849422
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTAATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|254337575|gb|GR849421.1|GR849421
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTAATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|254348952|gb|GR860224.1|GR860224
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|193456893|gb|FK422701.1|FK422701
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGA
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGA
EST: gi|11275174|gb|BF325497.1|BF325497
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|193394957|gb|FK359088.1|FK359088
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTAATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGTATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTA
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATG-ATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTA
EST: gi|16342161|gb|BI967756.1|BI967756
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|120493319|gb|EH221486.1|EH221486
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
EST: gi|58014523|gb|CX701265.1|CX701265
EST:     ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTAATTAAGACTGCCGATATTGGTCAG                         ATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC
genomic: ATAAGACTTATGATGATAACTCTTTGATTAAGACTGCCAATATTGGTCAGgtcagattca ... caacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcatactctttgattcatataacgttctaactggttactgcatccaacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTACAGACATGGCCTCACTCCACCCATGAGAGATGCTCGCAAGCGTAGATTTC
                         ttctaac  putative branch site (score: 1)
         tttgattcatataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtcagattcaaataattctttcattcttaatcatactctttgattcatataacgttctaactggttactgcatccaacaaacagATGATTATGGTGAGGGAATCTGGTGATGCTGCTCCAGATGTAATTGAGTACAGACATGGCCTCACTCCACCCATGAGAGATGCTCGCAAGCGTAGATTTC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG