1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gttagtaacttggtcctgattatttgatgacaatcaatgcttataaaagatatttatcactcaaattcttattgttttttctatgtttggttattttgcttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATGATGAGTTAGCTTTGAAAAAGGCTGTTGCAAATCAGCCCGTCAGTGTAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA14G09440.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATEST: gi|17401259|gb|BM178041.1|BM178041
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: CCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATEST: gi|298194165|gb|HO040813.1|HO040813
genomic: CCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATEST: gi|18732476|gb|BM527066.1|BM527066
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: GATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATEST: gi|7925521|gb|AW831547.1|AW831547
genomic: GATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATEST: gi|120496510|gb|EH224677.1|EH224677
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATEST: gi|5606377|gb|AI900531.1|AI900531
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATEST: gi|11413180|gb|BF425191.1|BF425191
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATEST: gi|9258974|gb|BE347121.1|BE347121
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATEST: gi|27446257|gb|CA953380.1|CA953380
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATEST: gi|17402038|gb|BM178820.1|BM178820
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATEST: gi|9440374|gb|BE440880.1|BE440880
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATEST: gi|193386901|gb|FK351758.1|FK351758
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATAGTTCCTGCCTAEST: gi|15814104|gb|BI786379.1|BI786379
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGAT-GTTCCTGCCTA
EST: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAAGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATEST: gi|19348924|gb|BM893456.1|BM893456
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATEST: gi|208311725|gb|GE106903.1|GE106903
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATEST: gi|193414820|gb|FK381432.1|FK381432
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAAATGCTAAGGTTEST: gi|120531667|gb|EH259800.1|EH259800
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAA-TGCTAAGGTT
EST: AAGAGGATTACC-TTACCGTGGTGT-GATGGTAGATGTGACCCATAT-GG AAAAATGCTA-GGTTGTT-CTATTGATGAEST: gi|5770740|gb|AI973914.1|AI973914
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGA
EST: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
tatcactcaaattcttattgttttttctatgtttggttattttgcttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATGATGAGTTAGCTTTGAAAAAGGCTGTTGCAAATCAGCCCGTCAGTGTAG
ttttgctttt CT-rich tract
aaattcttattgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagtaacttggtcctgattatttgatgacaatcaatgcttataaaagatatttatcactcaaattcttattgttttttctatgtttggttattttgcttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATGATGAGTTAGCTTTGAAAAAGGCTGTTGCAAATCAGCCCGTCAGTGTAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT