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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acaatagctagcttttttcctactttgcaactatgttatttgtgtatatcatttgctttaatttattgttcatcaaaacatttgtgttttatctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTTCCTCCTGGCAACACAGGGCTCGATCCCTCCCAGACCTCTTTCTTCCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G06630.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G06630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ13245 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
acaatagctagcttttttcctactttgcaactatgttatttgtgtatatcatttgctttaatttattgttcatcaaaacatttgtgttttatctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTTCCTCCTGGCAACACAGGGCTCGATCCCTCCCAGACCTCTTTCTTCCAG
                                              ||| || |  ||  | ||   ||  || ||||  |      ||| |     ||||||||||| ||||||||||| ||  | |||||||| || || ||     |||||||||| | ||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||
---------------------------------------------gtatgatct--ttgtacttgcggt--atgaaaa--tcaaaactttgttc---cagGTTGGAGCGCCTGCTCGTGTCGGACTTGTTGCCCCGATCGACGTAACCATTCCTCCTGGAAGCACTGGGCTTGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAG

upper sequence: GLYMA14G06630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ24514 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
acaatagctagcttttttcctactttgcaactatgttatttgtgtatatcatttgctttaatttattgttcatcaaaacatttgtgttttatctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTTCCTCCTGGCAACACAGGGCTCGATCCCTCCCAGACCTCTTTCTTCCAG
                                              ||| || |  ||  | ||   ||  || ||||  |      ||| |     ||||||||||| ||||||||||| ||  | |||||||| || || ||     |||||||||| | ||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||
---------------------------------------------gtatgatct--ttgtacttgcggt--atgaaaa--tcaaaactttgttc---cagGTTGGAGCGCCTGCTCGTGTCGGACTTGTTGCCCCGATCGACGTGACCATTCCTCCTGGAAGCACTGGGCTTGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|24135677|gb|BU926187.1|BU926187
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|16346828|gb|BI972423.1|BI972423
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|17401623|gb|BM178405.1|BM178405
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GCTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGGTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|17153974|gb|BM143907.1|BM143907
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|7685264|gb|AW755912.1|AW755912
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|16347968|gb|BI973563.1|BI973563
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|254328265|gb|GR835230.1|GR835230
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|254333170|gb|GR850420.1|GR850420
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|19347127|gb|BM892007.1|BM892007
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|14990690|gb|BI316363.1|BI316363
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|33389930|gb|CA853137.1|CA853137
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGG
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGG
EST: gi|193414206|gb|FK380902.1|FK380902
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|151409120|gb|EV278928.1|EV278928
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTCGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|14126236|gb|BG790674.1|BG790674
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGAT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGAT
EST: gi|7590329|gb|AW706084.1|AW706084
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|21677858|gb|BQ630209.1|BQ630209
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|16104950|gb|BI892690.1|BI892690
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|7235180|gb|AW570509.1|AW570509
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|23733363|gb|BU764877.1|BU764877
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|6483223|gb|AW202399.1|AW202399
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGGCAAGTACAAA                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|17152819|gb|BM142752.1|BM142752
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGGTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|15287315|gb|BI471206.1|BI471206
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
EST: gi|192330815|gb|FK023044.1|FK023044
EST:     TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT
genomic: TCACCAAAGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtaaattgat ... atctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatcatttgctttaatttattgttcatcaaaacatttgtgttttatctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTTCCTCCTGGCAACACAGGGCTCGATCCCTCCCAGACCTCTTTCTTCCAG
          ctttaat  putative branch site (score: 4)
                                         ttttatct  putative PPT
           tttaatttattgttca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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acaatagctagcttttttcctactttgcaactatgttatttgtgtatatcatttgctttaatttattgttcatcaaaacatttgtgttttatctgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTTCCTCCTGGCAACACAGGGCTCGATCCCTCCCAGACCTCTTTCTTCCAG

- - - - - - - - - - - ctttgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caaaaca