Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gaataacactagtgtatctatgcaatttagaagagaagtaaataattagttactatgctggtgctgaaattgactttatctggcatcatgtgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGGAACAGGAGGGTTCATTGAGCCGAAATGGCTAGCATATGGTGAGATAATC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G00640.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G00640.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT1G61520.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
gaataacactagtgtatctatgcaatttagaagagaagtaaataattagttactatgctggtgctgaaattgactttatctggcatcatgtgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGGAACAGGAGGGTTCATTGAGCCGAAATGGCTAGCATATGGTGAGATAATC
              | |  |  ||| ||    ||    ||  |  || |  |   |  || || | ||| |   |  |  ||   | ||     ||||||| | || |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| | |||||||||||| || ||||| |||
----------gtaatgttcaaacaacttttg-gaattttatttgttttgagaacttcatgatgttcaaaat--ttggagatgttctgattcttcttgcagCTTACCTGGTGACTATGGATTCGACCCTCTTGGTCTTTCAGACCCAGAAGGTACTGGAGGATTCATTGAGCCAAGATGGCTAGCATACGGAGAGATCATC

upper sequence: GLYMA14G00640.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv15s0024g00040.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gaataacactagtgtatctatgcaatttagaagagaagtaaataattagttactatgctggtgctgaaattgactttatctggcatcatgtgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGGAACAGGAGGGTTCATTGAGCCGAAATGGCTAGCATATGGTGAGATAATC
                  ||| || |||   | | || | |     ||   |  |      | ||   | |||  ||   |||  |    ||  |  ||| ||||| ||||||||||| || || || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||| |||| || || ||| | |||
-----------------gtatacatttttccatataactga--tggtatacaaaacaaaactacttttactga--ttgggtggtttttcatg--tcacagTCTTCCAGGTGACTATGGGTTCGATCCACTGGGACTTTCAGACCCTGAAGGCACAGGAGGGTTCATCGAGCCAAGATGGTTAGCCTACGGGGAGGTCATC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18730336|gb|BM525821.1|BM525821
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|22540092|gb|BU089935.1|BU089935
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|23053005|gb|BU577496.1|BU577496
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|5760749|gb|AI966112.1|AI966112
EST:     AGACCTTTGTGGTATGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCCG                         CCCTTCCGGGTGACTATGGAATTAGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAA
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCC-TTCCGGGTGACTATGGATTT-GACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAA
EST: gi|27446117|gb|CA953240.1|CA953240
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|7796629|gb|AW782026.1|AW782026
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|13125159|gb|BG315729.1|BG315729
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTTCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAGGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|6667168|gb|AW278627.1|AW278627
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|15589895|gb|BI674511.1|BI674511
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|5342394|gb|AI794678.1|AI794678
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|6454699|gb|AW185382.1|AW185382
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCANAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|23057419|gb|BU578093.1|BU578093
EST:     -TATCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|13562989|gb|BG551209.1|BG551209
EST:     AGACCTTCGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|7691859|gb|AW759978.1|AW759978
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|192332350|gb|FK026015.1|FK026015
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|9902717|gb|BE611685.1|BE611685
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|17152899|gb|BM142832.1|BM142832
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGTTTCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|27426573|gb|CA938093.1|CA938093
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|7926526|gb|AW832552.1|AW832552
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|12489499|gb|BG043021.1|BG043021
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|8669807|gb|BE190914.1|BE190914
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|9258889|gb|BE347036.1|BE347036
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|7029674|gb|AW459457.1|AW459457
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|11412114|gb|BF424125.1|BF424125
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|13125817|gb|BG316387.1|BG316387
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|209697676|gb|BW655577.1|BW655577
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|19053400|gb|BM732067.1|BM732067
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|22541673|gb|BU091516.1|BU091516
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCANAGCANAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|11412800|gb|BF424811.1|BF424811
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|13312843|gb|BG406494.1|BG406494
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|13311354|gb|BG405005.1|BG405005
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|23732598|gb|BU764464.1|BU764464
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|9258305|gb|BE346452.1|BE346452
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|10235201|gb|BE804148.1|BE804148
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|6134268|gb|AW132661.1|AW132661
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|10235114|gb|BE804002.1|BE804002
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|5606975|gb|AI901073.1|AI901073
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|10844626|gb|BF067796.1|BF067796
EST:     GANCCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: GA-CCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|20498590|gb|BQ273520.1|BQ273520
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|22541871|gb|BU091714.1|BU091714
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|5677942|gb|AI939072.1|AI939072
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|31561249|gb|CD487087.1|CD487087
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|13125743|gb|BG316313.1|BG316313
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAT                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|20814917|gb|BQ299395.1|BQ299395
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|213588699|gb|DB957693.1|DB957693
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|213596598|gb|DB958211.1|DB958211
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|15287238|gb|BI471129.1|BI471129
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|7693302|gb|AW761396.1|AW761396
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|9258975|gb|BE347122.1|BE347122
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|15200124|gb|BI424185.1|BI424185
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
EST: gi|209710535|gb|BW662071.1|BW662071
EST:     AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAG                         CCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG
genomic: AGACCTTTGTGGTTTGCATCAAAGCAAAGTCTTTCCTACTTGGATGGCAGgtaaatttca ... tgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttagttactatgctggtgctgaaattgactttatctggcatcatgtgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGGAACAGGAGGGTTCATTGAGCCGAAATGGCTAGCATATGGTGAGATAATC
                      aattgac  putative branch site (score: 3)
                   tgaaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gaataacactagtgtatctatgcaatttagaagagaagtaaataattagttactatgctggtgctgaaattgactttatctggcatcatgtgcattgcagCCTTCCGGGTGACTATGGATTTGACCCTCTGGGACTTTCGGACCCTGAAGGAACAGGAGGGTTCATTGAGCCGAAATGGCTAGCATATGGTGAGATAATC

gaataac
- - - - - - - - -ctatgca
- - - - - - - - - - - - - - -gaagagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctggtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catcatg