Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aattacttcctttgcaaataagttcatcaaattatttttatcacctcttggcaatgacaatgttttgacacgtgctaataaacctgtttgtcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGCTGCGCCCTGATTTCCATGTCTCGGCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G41120.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193532599|gb|FK492419.1|FK492419
EST:     GAAGATGTTGTAG                         AAGTTGTTGTGAGCCCTCC-TTTGTGTTCCTTCC-TTTGTAAAAAGTTTGC
genomic: GAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: gi|6071447|gb|AW100834.1|AW100834
EST:     GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG                         AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: gi|208185572|gb|GD982085.1|GD982085
EST:     GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG                         AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTTG
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTT-G
EST: gi|18040397|gb|BM308691.1|BM308691
EST:     GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG                         AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: gi|6915528|gb|AW397058.1|AW397058
EST:     GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG                         AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: gi|192308239|gb|FK002751.1|FK002751
EST:     GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG                         AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: gi|15662424|gb|BI699795.1|BI699795
EST:     GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG                         AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: gi|7146583|gb|AW508505.1|AW508505
EST:     GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG                         AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: gi|192300263|gb|FG987840.1|FG987840
EST:     GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG                         AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: gi|37997347|gb|CF808936.1|CF808936
EST:     GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG                         AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: gi|193508530|gb|FK465393.1|FK465393
EST:     AATG-AGCTAAAGT-CCTGGAGAAGATGTTGTAG                         AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
genomic: AATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: gi|9986087|gb|BE660195.1|BE660195
EST:     GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG                         AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: gi|151409950|gb|EV279758.1|EV279758
EST:     GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGCTGTAG                         AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttggcaatgacaatgttttgacacgtgctaataaacctgtttgtcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGCTGCGCCCTGATTTCCATGTCTCGGCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGG
                           tgctaat  putative branch site (score: 2)
                                     cctgtttgtctttt  putative PPT
                              taataaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aattacttcctttgcaaataagttcatcaaattatttttatcacctcttggcaatgacaatgttttgacacgtgctaataaacctgtttgtcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGCTGCGCCCTGATTTCCATGTCTCGGCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - cctttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caatgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cacgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctgttt