Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttttgcttccatgtctctgaaacttaaatcttttcacacctctctaattaattggtttttaaagtttcttgtatctgttgcagGTAATAGAACAATCGGTGTAATCACAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G32940.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7692076|gb|AW760191.1|AW760191
EST:     TTTGGCTAATTCAGATGCTCTTCAGATGGCAGGGATTGCTGATCCTGATG                         GTAATAGAACAATCGGTGTAATCACAAAG
genomic: TTTGGCTAATTCAGATGCTCTTCAGATGGCAGGGATTGCTGATCCTGATGgtgagttttt ... tctgttgcagGTAATAGAACAATCGGTGTAATCACAAAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttttcacacctctctaattaattggtttttaaagtttcttgtatctgttgcagGTAATAGAACAATCGGTGTAATCACAAAG
                 aattaat  putative branch site (score: 3)
                taattaattggttttt  TA-rich tract