Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgttacattaattaatgttgtaatgtgtatgaattcattattaacaaaaaactattgttgcctaatttaatggataaattaactttgttaatttctagTTACTCAATCCTATGGAATTTTTTGCTGACATAGTAGTTGAGCACGAATATATTGAATGCACTGCATCAGCAATTCAGGCTTTA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G32200.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G32200.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv09s0054g01340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
gtaagtgttacattaattaatgttgtaatgtgtatgaattcattattaacaaaaaactattgttgcctaatttaatggataaattaactttgttaatttctagTTACTCAATCCTATGGAATTTTTTGCTGACATAGTAGTTGAGCACGAATATATTGAATGCACTGCATCAGCAATTCAGGCTTTA--
||||   |     ||||  ||    |  | | | | | |  | ||     ||    ||  ||  | ||||   || | || |   |  | |||| | | | | |   |||    |   |  | |  |  ||    || ||||   | |    | |  | | | |    ||   |||||    |   |  
gtaaaattcttgataatagatcagcttttttttctaactctactagctttaacttcct--tggagactaacaaaacg-atgatccagGTATGTTGAGTGC-ACTGCATCAGCAATTCAGGCTCTGGTTTTGTTTAAGAAGTTATACCCCCG-ACACAGGACGAAGGAGATAGACAATTTCATCACAAAT

upper sequence: GLYMA13G32200.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv09s0054g01280.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
gtaagtgttacattaattaatgttgtaatgtgtatgaattcattattaacaaaaaactattgttgcctaatttaatggataaattaactttgttaatttctagTTACTCAATCCTATGGAATTTTTTGCTGACATAGTAGTTGAGCACGAATATATTGAATGCACTGCATCAGCAATTCAGGCTTTA--
|||||  |     |||| ||     |    | | | | ||   ||     || |  ||  ||  | ||||   ||   || |   |  | |||| | | | | |   |||    |   |  | |  |  ||    || ||||   |  |   | |    | | |    ||   |||||    |   |  
gtaagattcttgataataaaccaactttcttttctaactttgctagctttaacatcct--tggagactaacaaaaca-atgatgcagGTATGTTGAGTGC-ACTGCATCAGCAATTCAGGCTCTAGTTTTGTTTAAGAAGTTATACCTGGG-ACACAAGAAGAAGGAGATAGACAATTTCATCACAAAT

upper sequence: GLYMA13G32200.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv09s0054g01230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
gtaagtgttacattaattaatgttgtaatgtgtatgaattcattattaacaaaaaactattgttgcctaatttaatggataaattaactttgttaatttctagTTACTCAATCCTATGGAATTTTTTGCTGACATAGTAGTTGAGCACGAATATATTGAATGCACTGCATCAGCAATTCAGGCTTTA--
|||||  |     ||||  |  || |    | | | | |  | ||   |   ||     |||  | ||||   || | || |   |  | |||| | | | | |   |||    |   |  | |  |  ||    || ||||   | |  | | |  | | | |    ||   |||||    |   |  
gtaagattcttgataatagaccttct----tttctaactctacta--gatttaacttccttggagactaacaaaacg-atgatccagGTATGTTGAGTGC-ACTGCATCAGCAATTCAGGCTCTAGTTTTGTTTAAGAAGTTATACCCCGA-ACACAGGACGGAGGAGATAGACAATTTCATCACAAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acaaaaaactattgttgcctaatttaatggataaattaactttgttaatttctagTTACTCAATCCTATGGAATTTTTTGCTGACATAGTAGTTGAGCACGAATATATTGAATGCACTGCATCAGCAATTCAGGCTTTA
                                       ctttgtt  CT-rich tract
                   taatttaatggataaa  TA-rich tract