Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttactctgtcactaatcagtaatcttggcaagctgattattattttttctcaacattaaattgttgatatactttggctggatttgtttccttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGTCCAATCTGCAGACAACCAGTTGAGAGGCTATTGGAGATCAAAGTCGGGC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G20270.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G20270.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT3G09770.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
ttactctgtcactaatcagtaatcttggcaagctgattattattttttctcaacattaaattgttgatatactttggctggatttgtttccttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGTCCAATCTGCAGACAACCAGTTGAGAGGCTATTGGAGATCAAAGTCGGGC
               | ||| |     |     | | || |||| | |    |     |  | |  | ||  |     | | || | ||   |  || |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||     
--------------gtaagtgaaagctgatgatttactactattatgtgatgatggacatatatatagatgttaaaaattgtttgggtttggtggtgcagTGTATGTGTAGCGGATGTGCTAAGGTATTGAGGTTTCAGACAAATCGATGCCCCATTTGCAGGCAACCTGTTGAAAGGCTTTTGGAGATAAAAGTTCACG

upper sequence: GLYMA13G20270.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT5G03200.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
ttactctgtcactaatcagtaatcttggcaagctgattattattttttctcaacattaaattgttgatatactttggctggatttgt----ttccttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGTCCAATCTGCAGACAACCAGTTGAGAGGCTATTGGAGATCAAAGTCGGGC-
                 |||  || |  ||  || |  ||||  |  | | || |  ||||||   |  |  ||||    | |||||    |||  | | | |||||||||||||||| || || ||||  || ||||| |||||||||   || ||| | ||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||    |  | 
-------------gtatagtgttcat--catacttaaaattagctcatataaaaaaaaaattg--aacttcttttgaaatggtttgtgtatttctgtttggcagTGTATGTGTAGCGGGTGCGCAAAGGCGTTAAGGTTTCAGACAAATCTGTGCCCAGTTTGCAGACAACCTGTTGAGATGCTTTTGGAGATTAACAA-GAACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58016042|gb|CX702784.1|CX702784
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|7028672|gb|AW458455.1|AW458455
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|58023088|gb|CX709829.1|CX709829
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|10252634|gb|BE820400.1|BE820400
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|31458541|gb|CD400569.1|CD400569
EST:     ATGCTTGTCTAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: ATGCTTGTC-AGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|8284031|gb|BE021590.1|BE021590
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|298197059|gb|HO041802.1|HO041802
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCG
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCG
EST: gi|12688441|gb|BG154777.1|BG154777
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCC-CCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|51342142|gb|CO983403.1|CO983403
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|6455140|gb|AW185823.1|AW185823
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|298163897|gb|HO013542.1|HO013542
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTG
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttctcaacattaaattgttgatatactttggctggatttgtttccttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGTCCAATCTGCAGACAACCAGTTGAGAGGCTATTGGAGATCAAAGTCGGGC
                tgttgat  putative branch site (score: 4)
                                     tttgtttccttcttgt  putative PPT
         attaaattgttgatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttactctgtcactaatcagtaatcttggcaagctgattattattttttctcaacattaaattgttgatatactttggctggatttgtttccttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGTCCAATCTGCAGACAACCAGTTGAGAGGCTATTGGAGATCAAAGTCGGGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGATCA
- - -ctgtcac
- - - - - - - - - - - - - - - -gctgatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggctgg