1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ttcgtgtttgctatgctcaaattcttttaacaatccaagtgagctgcattgtgataatatgctgatgcattccttaactgttgtgtttattgtgcaccagAAAAGGATAACCTTTGTTTATACGGGTTCCCTAATGAGCAATGGGAAGTTAATTTACCTGCGGAAGAAGTTCCTCCGGAGCTTCCTGAGCCTGCATTGGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G16740.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGTTGAAGAATTTTTCCAGCAGTGCGATCCTG AAAAGGATAACCTTTGTTTATACGGGTTCCCTAATGAGCAATGGGAAGTTA
genomic: ATGTTGAAGAATTTTTCCAGCAGTGCGATCCTGgttaggattt ... tgtgcaccagAAAAGGATAACCTTTGTTTATACGGGTTCCCTAATGAGCAATGGGAAGTTA
gcattgtgataatatgctgatgcattccttaactgttgtgtttattgtgcaccagAAAAGGATAACCTTTGTTTATACGGGTTCCCTAATGAGCAATGGGAAGTTAATTTACCTGCGGAAGAAGTTCCTCCGGAGCTTCCTGAGCCTGCATTGGG
ccttaac putative branch site (score: 3)
tgataatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcgtgtttgctatgctcaaattcttttaacaatccaagtgagctgcattgtgataatatgctgatgcattccttaactgttgtgtttattgtgcaccagAAAAGGATAACCTTTGTTTATACGGGTTCCCTAATGAGCAATGGGAAGTTAATTTACCTGCGGAAGAAGTTCCTCCGGAGCTTCCTGAGCCTGCATTGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - tgtttgc
- - - - - -tatgctc
- - - - - - - - - - - - - - - caatcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gagctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actgttg