Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acagtaaagcataagatttaaaattttcttgttatactaatttgttaataaactctaatttggaacagtgaaaacaaagtttgcattttttgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGACAAACCATTCATCTGCACAATGGATTGTCTTGGGGCAAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G10130.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G10130.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT1G77440.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
----------------------acagtaaagcataagatttaaaattt-tcttgttatactaatttgttaataaactctaatttggaacagtgaaaacaaagtttgcattttttgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGACAAACCATTCATCTGCACAATGGATTGTCTTGGGGCAAA
                       || |     || || ||  |  ||  ||||   |  || |||| |||  |     |||| ||| |  |  |  || ||||   ||  || |   |||||| ||||| |||| ||| || || ||||| ||||||||||| || |||||  ||||||| ||||| ||||| ||||||| | |||| || ||
gttggtgaaatgtcttcttctctcaatttgttattagtttctagtttcctcttaacaatctgatttcttatga----ttaatgtggcattgccactactaagtac-caaattctttatttcagATTTGGCCCATTCTTGTGCCAACCTGTGATTGCTGGATTGGGAGATGATAACAAACCCTTCATTTGCACTATGGATTCTATTGGAGCCAA

upper sequence: GLYMA13G10130.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv18s0001g02260.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
--acagtaaagcataagatttaaaattttcttgttatactaatttgttaataaactctaatttggaacagtgaaaacaaagtttgcattttttgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGACAAACCATTCATCTGCACAATGGATTGTCTTGGGGCAAA
   || |    |      |||| ||      | || |  |  | | |  || |  |  |||   ||  |     |     |  |  | | |||  |||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||   |||| || ||
catcattgtcaccctccctttataagcactgttttct-ttggtgtctgtatga-tttcaatgaagatgatatgcatttctgaatataatgttttttttttagGTTTGGTCCATACTTCTGCCAGCCTGTGATTGCTGGATTGGGAGATGAAGACAAGCCATTCATTTGCACAATGGATTCAATTGGAGCCAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58023417|gb|CX710158.1|CX710158
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|207815424|gb|GD788631.1|GD788631
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|298164208|gb|HO013853.1|HO013853
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|298178487|gb|HO024222.1|HO024222
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|14009264|gb|BG725868.1|BG725868
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|213616908|gb|DB978898.1|DB978898
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTCAGTCACTGATCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|298164143|gb|HO013788.1|HO013788
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGCCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATT
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATT
EST: gi|254322957|gb|GR835672.1|GR835672
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|26047843|gb|CA784499.1|CA784499
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|192295475|gb|FG987089.1|FG987089
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|58023718|gb|CX710459.1|CX710459
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|193520562|gb|FK475557.1|FK475557
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|4289799|gb|AI441527.1|AI441527
EST:     AACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTNTATGAGGAAAAG                         GTT-GGTCCATACTTTTGTCAGCCTGGTAATTGCTG-ATTTAGGGGATGA
genomic: AACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAG-AAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTG-TAATTGCTGGATT-AGGGGATGA
EST: gi|298198213|gb|HO039752.1|HO039752
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|23732782|gb|BU764563.1|BU764563
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|192298335|gb|FG992110.1|FG992110
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|192319626|gb|FK013710.1|FK013710
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|298170344|gb|HO018968.1|HO018968
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|209717219|gb|BW657688.1|BW657688
EST:     AAACCAGAGACCTTTCCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTCTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|254322956|gb|GR835671.1|GR835671
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|209721449|gb|BW671657.1|BW671657
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|298164572|gb|HO014217.1|HO014217
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|192325391|gb|FK018362.1|FK018362
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|298191360|gb|HO038839.1|HO038839
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|7588683|gb|AW704473.1|AW704473
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|22933839|gb|BU550978.1|BU550978
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|7589196|gb|AW704975.1|AW704975
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|151393124|gb|EV262999.1|EV262999
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|21285997|gb|BQ473868.1|BQ473868
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|192331428|gb|FK023391.1|FK023391
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|209717218|gb|BW657687.1|BW657687
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTCTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|120533789|gb|EH261922.1|EH261922
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|192298336|gb|FG992111.1|FG992111
EST:     TTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: TTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|207775463|gb|GD746866.1|GD746866
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|57574580|gb|CX547555.1|CX547555
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|7588884|gb|AW704670.1|AW704670
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|58019721|gb|CX706463.1|CX706463
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|13240408|gb|BG359717.1|BG359717
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|298197559|gb|HO045038.1|HO045038
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGG
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|298163713|gb|HO012446.1|HO012446
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGCAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|213613997|gb|DB960962.1|DB960962
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|10238976|gb|BE807864.1|BE807864
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|208079584|gb|GD873686.1|GD873686
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAG-AAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|192297363|gb|FG990669.1|FG990669
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|6847346|gb|AW349636.1|AW349636
EST:     AAACCAGAGANNNTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|208208376|gb|GE004741.1|GE004741
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|17400469|gb|BM177251.1|BM177251
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|298165026|gb|HO011075.1|HO011075
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|192331458|gb|FK023392.1|FK023392
EST:     GCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: GCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|298172643|gb|HO019683.1|HO019683
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|7684912|gb|AW755560.1|AW755560
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|254344206|gb|GR855291.1|GR855291
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
EST: gi|31309035|gb|CD394238.1|CD394238
EST:     AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAG                         GTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA
genomic: AAACCAGAGACCTTTGCCAGCTTAGTCTCTGCTCTGCTTTATGAGAAAAGgtaatgcagt ... tgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taataaactctaatttggaacagtgaaaacaaagtttgcattttttgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGACAAACCATTCATCTGCACAATGGATTGTCTTGGGGCAAA
       ctctaat  putative branch site (score: 3)
                                      cattttttgcttttc  putative PPT
                                       atttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
acagtaaagcataagatttaaaattttcttgttatactaatttgttaataaactctaatttggaacagtgaaaacaaagtttgcattttttgcttttcagGTTTGGTCCATACTTTTGTCAGCCTGTAATTGCTGGATTAGGGGATGAAGACAAACCATTCATCTGCACAATGGATTGTCTTGGGGCAAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacaaa