1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...aaagataataaggttgtgtgcctttgcgtatggctgtgagagcgagcgagctacagaacatgtttttaaactaataataataattgattcgtttttatagGGTTTTATATTGCTCTCAGTCCAAGCTCATCTTCCTCAATTGAAGCCACCACCTTGCAATATGTTCTTTGATGGAGAACACTGCACAGAAGCAAAGGGCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G28510.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCTTGGGAGCTTCTGGACCATCCTCATCTTTGGCTTTGTGGAACTCTCT GGTTTTATATTGCTCTCAGTCCAAGCTCATCTTCCTCAATTGAAGCCACCA
genomic: ATCTTGGGAGCTTCTGGACCATCCTCATCTTTGGCTTTGTGGAACTCTCTgtaagctaac ... gtttttatagGGTTTTATATTGCTCTCAGTCCAAGCTCATCTTCCTCAATTGAAGCCACCA
gcgagctacagaacatgtttttaaactaataataataattgattcgtttttatagGGTTTTATATTGCTCTCAGTCCAAGCTCATCTTCCTCAATTGAAGCCACCACCTTGCAATATGTTCTTTGATGGAGAACACTGCACAGAAGCAAAGGGCT
ttcgttttt CT-rich tract
atgtttttaaactaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaagataataaggttgtgtgcctttgcgtatggctgtgagagcgagcgagctacagaacatgtttttaaactaataataataattgattcgtttttatagGGTTTTATATTGCTCTCAGTCCAAGCTCATCTTCCTCAATTGAAGCCACCACCTTGCAATATGTTCTTTGATGGAGAACACTGCACAGAAGCAAAGGGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - -ggttgtg
- - - - - - - - - - cctttgc
- - - - - - - - - - - - - - - tggctgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agctaca