1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...ggatccaaacacgcacaaaaagattgtatttttatttattgatttatggttttggttattgcttggttggtgatttaatgtgttgttaattttggtgcagGATGTTGATGTGGGAAGATGGGTTTTGCCGAGGAAGAGTTTCAGATTGTTTGGAAGAGATTGATGGAGAGGATCCTATCAGGAAATCTTTTAGCAAAATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G27400.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGAGTGAGAGGTGGCAATGGGTGCAAGGTTGGGGATGAAAACGGCGGCTT GATGTTGATGTGGGAAGATGGGTTTTGCCGAGGAAGGGTTTCAGATTGTTTEST: gi|298177186|gb|HO027081.1|HO027081
genomic: AGAGTGAGAGGTGGCAATGGGTGCAAGGTTGGGGATGATAACGGCAGCTTgtaagtgcca ... tttggtgcagGATGTTGATGTGGGAAGATGGGTTTTGCCGAGGAAGAGTTTCAGATTGTTT
EST: AGAGTGAGAGGTGGCAATGGGTGCAAGGTTGGGGATGAAAACGGCAGCTT GATGTTGATGTGGGAAGATGGGTTTTGCCGAGGAAGGGTTTCAGATTGTTT
genomic: AGAGTGAGAGGTGGCAATGGGTGCAAGGTTGGGGATGATAACGGCAGCTTgtaagtgcca ... tttggtgcagGATGTTGATGTGGGAAGATGGGTTTTGCCGAGGAAGAGTTTCAGATTGTTT
atggttttggttattgcttggttggtgatttaatgtgttgttaattttggtgcagGATGTTGATGTGGGAAGATGGGTTTTGCCGAGGAAGAGTTTCAGATTGTTTGGAAGAGATTGATGGAGAGGATCCTATCAGGAAATCTTTTAGCAAAATG
tgttaat putative branch site (score: 3)
atttaatgtgttgtta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggatccaaacacgcacaaaaagattgtatttttatttattgatttatggttttggttattgcttggttggtgatttaatgtgttgttaattttggtgcagGATGTTGATGTGGGAAGATGGGTTTTGCCGAGGAAGAGTTTCAGATTGTTTGGAAGAGATTGATGGAGAGGATCCTATCAGGAAATCTTTTAGCAAAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - ccaaaca
- - - - - - gcacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgtt