1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...aacactcccaaatgattattctgatgtatggaaaatgcaataagtggggaattcatggcagagtattcaaatagtgatgatattacattgggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGATTTGTGGGAAAGAGTAAAGCTTCCTAGGAATTACGAGAAGGCACTTGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G14000.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|193697396|gb|FK641114.1|FK641114
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|151406980|gb|EV276795.1|EV276795
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|207824445|gb|GD793441.1|GD793441
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|193621397|gb|FK566839.1|FK566839
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|208216509|gb|GE012959.1|GE012959
genomic: CCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTTACCTTTACATGAAAACTAATTGAA-GAGCTCATATGCCGEST: gi|193510355|gb|FK470283.1|FK470283
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTT-ACCTTTACATGAAAACTA-TTGAAAGAGCTCATATGCCG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|207688209|gb|GD672576.1|GD672576
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|208340511|gb|GE136213.1|GE136213
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCACTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|193473231|gb|FK436302.1|FK436302
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|207747095|gb|GD720752.1|GD720752
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|193437567|gb|FK399570.1|FK399570
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|193396002|gb|FK361421.1|FK361421
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATTGCCGAAAEST: gi|18041381|gb|BM309675.1|BM309675
genomic: CGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATA-TGCCGAAA
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|207790009|gb|GD761300.1|GD761300
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|207712629|gb|GD694387.1|GD694387
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACTACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|208263533|gb|GE061133.1|GE061133
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|193567244|gb|FK524701.1|FK524701
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|17518730|gb|BM187772.1|BM187772
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|208193955|gb|GD994238.1|GD994238
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|208292464|gb|GE091570.1|GE091570
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|207729934|gb|GD706486.1|GD706486
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|193666282|gb|FK610591.1|FK610591
genomic: CCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|298164306|gb|HO013951.1|HO013951
genomic: CGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|208192116|gb|GD992400.1|GD992400
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|207685783|gb|GD669115.1|GD669115
genomic: CCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|193492027|gb|FK453443.1|FK453443
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|193670864|gb|FK613700.1|FK613700
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|193497351|gb|FK458259.1|FK458259
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|193606954|gb|FK560003.1|FK560003
genomic: CGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|208156179|gb|GD952821.1|GD952821
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|193688847|gb|FK627838.1|FK627838
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|193310285|gb|FK273691.1|FK273691
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|193353439|gb|FK323645.1|FK323645
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGEST: gi|193355796|gb|FK323447.1|FK323447
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: TCGTGACCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAEST: gi|193719717|gb|FK652271.1|FK652271
genomic: TCGTG-CCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTG-TTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAA
EST: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATGgtacttttgc ... ggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
ggggaattcatggcagagtattcaaatagtgatgatattacattgggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGATTTGTGGGAAAGAGTAAAGCTTCCTAGGAATTACGAGAAGGCACTTGA
tattcaaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aacactcccaaatgattattctgatgtatggaaaatgcaataagtggggaattcatggcagagtattcaaatagtgatgatattacattgggtgctgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGATTTGTGGGAAAGAGTAAAGCTTCCTAGGAATTACGAGAAGGCACTTGA
- cactccc
- - - - - - - - - -tctgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - -aatgcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgggga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catggca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgat