Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattttagtacaagattaataatttgtctgattttgaaattaaaaaagaaaaaaaaatgaatgcatgaatgatgacatgacatgtgtgtgtgtatatatatatatatgatggttgaagCTTCGAGAGGAATTGGCTGCGGGCAGATTACAGTGTCATTGGGTTTGGATTGATTGGTTGGCTAGCACCCTCAAGCGTACCGGCTATCAACGGTAAAAGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G09730.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31458119|gb|CD400147.1|CD400147
EST:     GGAAATGGGAGGGTTACATG                         CTTCGAGAGGAATTGGCTGCGGGCAGATTACAGTGTGATTGGGTTTGGCTT
genomic: GGAAATGGGAGGGTTACATGgtaattttag ... atggttgaagCTTCGAGAGGAATTGGCTGCGGGCAGATTACAGTGTCATTGGGTTTGGATT
EST: gi|22931458|gb|BU548597.1|BU548597
EST:     GAGGGTTACATG                         CTTCGAGAGGAATTGCCTGCGGGCAGATTACAGTGTGATTGGGTTTGGGTT
genomic: GAGGGTTACATGgtaattttag ... atggttgaagCTTCGAGAGGAATTGGCTGCGGGCAGATTACAGTGTCATTGGGTTTGGATT
EST: gi|6482824|gb|AW202036.1|AW202036
EST:     TGGCAATGGGAAATGGGAGGGTTACATG                         CTTCGAGAGGAATTGGCTGCGGGCAGATTACAGTGTCATTGGGTTTGGATT
genomic: TGGCAATGGGAAATGGGAGGGTTACATGgtaattttag ... atggttgaagCTTCGAGAGGAATTGGCTGCGGGCAGATTACAGTGTCATTGGGTTTGGATT
EST: gi|10844463|gb|BF067734.1|BF067734
EST:     AGGAATCCCTTGAGGAAAGCTGTGGCAATGGGAAATGGGAGGGTTACATG                         CTTCGAGAGGAATTGGCTGCGGGCAGATTACAGTGTCATTGGGTTTGGATT
genomic: AGGAATCCCTTGAGGAAAGCTGTGGCAATGGGAAATGGGAGGGTTACATGgtaattttag ... atggttgaagCTTCGAGAGGAATTGGCTGCGGGCAGATTACAGTGTCATTGGGTTTGGATT
EST: gi|31307026|gb|CD392229.1|CD392229
EST:     ATGAATACCTTGGGGCAAGCTGTGGCAATGGGAAATGGGAGGGTTACATG                         CTTCGAGAGGAATTGGCTGCGGTCAGATTACAGTGTGATTGGGTTTGGGTT
genomic: AGGAATCCCTTGAGGAAAGCTGTGGCAATGGGAAATGGGAGGGTTACATGgtaattttag ... atggttgaagCTTCGAGAGGAATTGGCTGCGGGCAGATTACAGTGTCATTGGGTTTGGATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catgaatgatgacatgacatgtgtgtgtgtatatatatatatatgatggttgaagCTTCGAGAGGAATTGGCTGCGGGCAGATTACAGTGTCATTGGGTTTGGATTGATTGGTTGGCTAGCACCCTCAAGCGTACCGGCTATCAACGGTAAAAGT
                         tgtgtatatatatata  TA-rich tract