Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcgagtccatctaccgtaatttaatgatcagtgtatgaaattaaacttaatttgtagttaataattaattggtgggttaattgttgtagAGCTTATGTTATTGGGGTTCATATCGTTGCTTCTAACGGTAGGACAAGGTCCAATATCAAGAATATGCATATCAGAAAAAGTTGCAGGGACATGGCATCC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G07530.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G07530.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv06s0004g03100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gttcgagtccatctaccg-taatt-taatgatcagtgta-tgaaattaaacttaatttgtagttaa---taattaattggtgggttaattgt-------tgtagAGCTTATGTTATTGGGGTTCATATCGTTGCTTCTAACGGTAGGACAAGGTCCAATATCAAGAATATGCATATCAGAAAAAGTTGCAGGGACATGGCATCC
    |   ||||||  || | ||  |  |  ||||| || ||   | |   || ||| | | |  |   |||| |||  |  |   || | |       ||||||||| |||||  | ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||  ||||| |  ||||| |||||| | |  |||||||  || ||||||||
--gtgcacccatctcgcgatgatcatcgtcctcagtctactgtgttcatgtttgattggaactctactataatgaatctgacgaaaaactttctgggtttgtagAGCTAATGTTGCTAGGGTTCATATCCTTGCTCCTAACAGTAGGACAAGGTCTGATATCGACTATATGTATATCAAAGAGTGTTGCAGCAACTTGGCATCC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgaaattaaacttaatttgtagttaataattaattggtgggttaattgttgtagAGCTTATGTTATTGGGGTTCATATCGTTGCTTCTAACGGTAGGACAAGGTCCAATATCAAGAATATGCATATCAGAAAAAGTTGCAGGGACATGGCATCC
     attaaacttaatttgt  TA-rich tract