Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...tacagcgctcaatcaatcaagttagactctgtagacaccttattttgttaattagttacttcgaattttgttgcttaattactttgatgatcccttgcagATGGTCAAGAATTGCTCGCAAGCTACCAGGGCGCACTGACAATGAGATTAAGAATTATTGGAGGACTCACATGAGAAAGAAAAAGGCTCTGGAGAAAAAG
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G07110.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|192327143|gb|FK015535.1|FK015535EST: CCCCAAGAACAACACCTCGTCATGGACCTTCATTCCAAATGGGGAAATAG ATGGTCAAGAATTGCTCGCAAGCTACCAGGGCGCACTGACAATGAGATTAA
genomic: CCCCAAGAACAACACCTCGTCATGGACCTTCATTCCAAATGGGGAAATAGgtttgagaac ... tcccttgcagATGGTCAAGAATTGCTCGCAAGCTACCAGGGCGCACTGACAATGAGATTAA
EST:
gi|9258630|gb|BE346777.1|BE346777EST: CCCCAAGAACAACACCTCGTCATGGACCTTCATTCCAAATGGGGAAATAG ATGGTCAAGAATTGCTCGCAAGCTACCAGGGCGCACTGACAATGAGATTAA
genomic: CCCCAAGAACAACACCTCGTCATGGACCTTCATTCCAAATGGGGAAATAGgtttgagaac ... tcccttgcagATGGTCAAGAATTGCTCGCAAGCTACCAGGGCGCACTGACAATGAGATTAA
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.tgttaattagttacttcgaattttgttgcttaattactttgatgatcccttgcagATGGTCAAGAATTGCTCGCAAGCTACCAGGGCGCACTGACAATGAGATTAAGAATTATTGGAGGACTCACATGAGAAAGAAAAAGGCTCTGGAGAAAAAG
tcccttgc CT-rich tract
ttaattactttgat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
tacagcgctcaatcaatcaagttagactctgtagacaccttattttgttaattagttacttcgaattttgttgcttaattactttgatgatcccttgcagATGGTCAAGAATTGCTCGCAAGCTACCAGGGCGCACTGACAATGAGATTAAGAATTATTGGAGGACTCACATGAGAAAGAAAAAGGCTCTGGAGAAAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA