Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttaattgcaataatatattcttccaaaataataataaatgtgttacactcttttagttttatgatcaaagttttgaaattcaattttcttactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGACAGGAGTGGCAGATCAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G07010.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207697746|gb|GD681231.1|GD681231
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTAAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTAATAG
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTA-T-G
EST: gi|208038907|gb|GD835829.1|GD835829
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|193410354|gb|FK379337.1|FK379337
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|208299428|gb|GE097611.1|GE097611
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|193649919|gb|FK594508.1|FK594508
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|209713847|gb|BW684040.1|BW684040
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|208114799|gb|GD911290.1|GD911290
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGT
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGT
EST: gi|213588375|gb|DB967861.1|DB967861
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|207822592|gb|GD795227.1|GD795227
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGGTATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|193599737|gb|FK551560.1|FK551560
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|15284976|gb|BI468867.1|BI468867
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|207702259|gb|GD683014.1|GD683014
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|14126268|gb|BG790706.1|BG790706
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTCCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATG-C
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
EST: gi|24205347|gb|BU964600.1|BU964600
EST:     AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAG                         GAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC
genomic: AGCTTTACATTTCAAACTTGGATTATGGTGTTTCCAATGATGATATTAAGgtaataatca ... tactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acactcttttagttttatgatcaaagttttgaaattcaattttcttactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGACAGGAGTGGCAGATCAAAG
                                         ttcttac  putative branch site (score: 2)
                                       ttttcttact  CT-rich tract
                      aaagttttgaaattca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttaattgcaataatatattcttccaaaataataataaatgtgttacactcttttagttttatgatcaaagttttgaaattcaattttcttactatgcagGAATTGTTTGCTGAAGTGGGTGACTTGAAACGGCATGCGGTTCATTATGACAGGAGTGGCAGATCAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA