Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttcttctttgtttcagtaatttttttgttttatcataaacaaaagtattgatattatgtttttaaatttgtttggggttttatattggtccttgtgaagATAAAAAGATGTGGAGAGATGGCTCGTGGATTGCGTTTTTTCAAGGACCAAATGTTGAAAGCTGGTGTTTCACCAAAATATTCCACAACACCAGTTGATT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G04330.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213616528|gb|DB967178.1|DB967178
EST:     CTCAATGCAGACAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG                         ATAAAAAGATGTGGAGAGATGGCTC
genomic: CTCAATGCAGACAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAGgtgcgattgt ... ccttgtgaagATAAAAAGATGTGGAGAGATGGCTC
EST: gi|209705919|gb|BW676024.1|BW676024
EST:     CTCAATGCAGACAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG                         ATAAAAAGATGTGGAGAGATGGCTCGTGGATTGCGTTTTTTCAAGGACCAA
genomic: CTCAATGCAGACAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAGgtgcgattgt ... ccttgtgaagATAAAAAGATGTGGAGAGATGGCTCGTGGATTGCGTTTTTTCAAGGACCAA
EST: gi|7685600|gb|AW756248.1|AW756248
EST:     CTCAATGCAGACAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG                         ATAAAAAGATGTGGAGAGATGGCTCGTGGATTGCGTTTTTTCAAGGACCAA
genomic: CTCAATGCAGACAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAGgtgcgattgt ... ccttgtgaagATAAAAAGATGTGGAGAGATGGCTCGTGGATTGCGTTTTTTCAAGGACCAA
EST: gi|213608990|gb|DB962916.1|DB962916
EST:     CTCAATGCAGACAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG                         ATAAAAAGATGTGGAGAGATGGCTCGTGGATTGCGTTTTTTCAAGGACCAA
genomic: CTCAATGCAGACAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAGgtgcgattgt ... ccttgtgaagATAAAAAGATGTGGAGAGATGGCTCGTGGATTGCGTTTTTTCAAGGACCAA
EST: gi|7685596|gb|AW756244.1|AW756244
EST:     CTCAATGCAGACAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG                         ATAAAAAGATGTGGAGAGATGGCTCGTGGATTGCGTTTTTTCAAGGACCAA
genomic: CTCAATGCAGACAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAGgtgcgattgt ... ccttgtgaagATAAAAAGATGTGGAGAGATGGCTCGTGGATTGCGTTTTTTCAAGGACCAA
EST: gi|213617324|gb|DB965195.1|DB965195
EST:     CTCAATGCAGACAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG                         ATAAAAAGATGTGGAGAGATGGCTCGTGGATTGCGTTTTTTCAAGGACCAA
genomic: CTCAATGCAGACAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAGgtgcgattgt ... ccttgtgaagATAAAAAGATGTGGAGAGATGGCTCGTGGATTGCGTTTTTTCAAGGACCAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtattgatattatgtttttaaatttgtttggggttttatattggtccttgtgaagATAAAAAGATGTGGAGAGATGGCTCGTGGATTGCGTTTTTTCAAGGACCAAATGTTGAAAGCTGGTGTTTCACCAAAATATTCCACAACACCAGTTGATT
 tattgat  putative branch site (score: 3)
                                            tccttgt  putative PPT
      atattatgtttttaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttcttctttgtttcagtaatttttttgttttatcataaacaaaagtattgatattatgtttttaaatttgtttggggttttatattggtccttgtgaagATAAAAAGATGTGGAGAGATGGCTCGTGGATTGCGTTTTTTCAAGGACCAAATGTTGAAAGCTGGTGTTTCACCAAAATATTCCACAACACCAGTTGATT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggggttt