Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ataaaataaatgccctcctatatgcttttgtttccttccatgttttatttgggtgatatgttacttgtatggttttctgaattctatgccctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCATCGTGCTGGCAAATTTGAAGCCAAATTCTTTGACAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G00510.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G00510.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os08g21660.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
ataaaataaatgccctcctatatgcttttgtttccttccatgttttatttgggtgatatgttacttgtatggttttctgaattctatgccctgt-gtgc-agGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCATCGTGCTGGCAAATTTGAAGCCAAATTCTTTGACAAG
  |     |      | |||  |  ||   |    |   || ||   | |||   |  | |    |  || ||        |   |   | ||| |||  |||||||||||||||||||||| ||||||     ||| || |  || |||| |||||| || ||||||||||| ||||| ||| |||||
--agttccacaatgttgctaggtagttgaatgaaatattatattgcttatggaccacttttggactacattgtggatgccctaagaaatcttgttgtgttagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGTCGTGCAGGAAAATTTGAAGCGAAATTTTTTCACAAG

upper sequence: GLYMA12G00510.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT2G46280.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
ataaa-ataaatgccctcctatatgcttttgtttccttccatgttttatttgggtgatatgttacttgtatggttttctgaattctatgccctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCATCGTGCTGGCAAATTTGAAGCCAAATTCTTTGACAAG
 ||   |  |||||      | || |  ||  |    |||  |  | |    ||    ||||||  | | ||  | |     ||||   | || | |  |||| ||  ||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| || |||||||| || || |  ||||||
gtatgcactaatgcttcatgaaattcaatt--tcgaatcccagaatcagcaaggcatgatgttatctttgtgaatgt-----ttctgctctctct-tttagGTTGTACTTGGAGGTGGTCAAGATGCATCAGCTGTGACTACCACTGATCATCGTGCTGGAAAGTTTGAAGCTAAGTTTTACGACAAG

upper sequence: GLYMA12G00510.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT2G46290.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 6
--ataaaataaatgccctcctatatgcttttgtttccttccatgttttatttgggtgatatgttacttgtatggttttctgaattctatgccctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCATCGTGCTGGCAAATTTGAAGCCAAATTCTTTGACAAG
  ||  | |||     || ||  |   |    ||   ||||       |    |     ||||||  | | ||  | | |    |||  || || |    |||| ||  ||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| || |||||||| || || |  |||| |
gtatgcactaa---tgcttcttgaaattcaaattcggttcccaaaagcaacaagtcttgatgttatctttgtgaatgtttctgctct-cgctcttt---tagGTTGTGCTTGGAGGTGGTCAAGATGCATCAGCTGTGACTACCACTGATCATCGTGCTGGGAAGTTTGAAGCTAAGTTTTACGACACG

upper sequence: GLYMA12G00510.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv01s0011g06630.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
ataaaataaatgccctcctatatgcttt-tgtttccttccatgttttatttgggt-gatat-gttacttgt--atggttttctgaattctatgccctgtgtg-----cagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCATCGTGCTGGCAAATTTGAAGCCAAATTCTTTGACAAG
          |   ||   || || |   | | |   |  |    |  |     | ||||| | |  ||||  ||| | ||   || | |    | | ||||     ||||| ||  | ||||||||||| ||||| |||  ||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||| ||| |||
----------tatacttacatgtgttgggtatataaatttacagatggtggaaatagatatcgctgattgttcatgctgtttctaactttgattcttttgtgttctccagGTAGTACTAGGAGGTGGTCAAGATGCATCACATGTCACAACAACTGATCATCGTGCTGGAAAGTTTGAGGCAAAATTCTATGATAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192329074|gb|FK021427.1|FK021427
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCA-TGCAGTTACGATGTCAC-TCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAG-TGGTCAG-ATGCGTCAGCTGTTACAAC
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAAC
EST: gi|9203630|gb|BE329854.1|BE329854
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193329519|gb|FK296085.1|FK296085
EST:     TCACGGAACACCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193684082|gb|FK622618.1|FK622618
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|105633761|gb|DW247124.1|DW247124
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGGTCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208029101|gb|GD830597.1|GD830597
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGT
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGT
EST: gi|193439736|gb|FK407605.1|FK407605
EST:     GTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: GTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|14011261|gb|BG726192.1|BG726192
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGT
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGT
EST: gi|192308991|gb|FK001767.1|FK001767
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|209727428|gb|BW663714.1|BW663714
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|207793286|gb|GD767488.1|GD767488
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|15285352|gb|BI469243.1|BI469243
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193380787|gb|FK346070.1|FK346070
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGGTTATTGG
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGG-TTATTGG
EST: gi|192329075|gb|FK021428.1|FK021428
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|207805444|gb|GD776890.1|GD776890
EST:     GTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTTTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: GTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|207749721|gb|GD718101.1|GD718101
EST:     GCAGTTACCATGTCACCTCTTTTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: GCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193577140|gb|FK537469.1|FK537469
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|207801078|gb|GD772457.1|GD772457
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193698998|gb|FK635477.1|FK635477
EST:     TGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: TGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193403068|gb|FK369014.1|FK369014
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|22525375|gb|BU084186.1|BU084186
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|22928110|gb|BU545249.1|BU545249
EST:     TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCAT                         GTGGTTANNNGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: TCACGGAACGCCCTGTCAATGCAGTTACGATGTCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208221442|gb|GE016408.1|GE016408
EST:     TCACCTCTTCTTGANCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: TCACCTCTTCTTGATCATgtatgtatct ... ctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatttgggtgatatgttacttgtatggttttctgaattctatgccctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCATCGTGCTGGCAAATTTGAAGCCAAATTCTTTGACAAG
          atatgtta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ataaaataaatgccctcctatatgcttttgtttccttccatgttttatttgggtgatatgttacttgtatggttttctgaattctatgccctgtgtgcagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCGTCAGCTGTTACAACTACTGATCATCGTGCTGGCAAATTTGAAGCCAAATTCTTTGACAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- aaaataa
- - - - - -gccctcc
- - - - - - - - - tatatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - -ccttcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctatgcc