1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtattgctttttatttatgctataatttgattatatttttttaaggaataaaatatgctctaatggatgccccatgtaatgcattttatcttgtaacattacaagcaagagttgaggatgttgctataccttaatccaaagtttcttgttgatctcctcctctttcaatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCAATCCCGGAAAGGGCTTGTGCATGGATGTCTCATGGTTTCATGAGTGTAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G37760.3 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG GGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGCCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCAEST: gi|193671274|gb|FK609532.1|FK609532
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCA
EST: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG GGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGCCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCAEST: gi|209719600|gb|BW651025.1|BW651025
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCA
EST: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG GGAGGTGCTTATCAAGAATCEST: gi|193303873|gb|FK273543.1|FK273543
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATC
EST: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG GGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAEST: gi|193511232|gb|FK470797.1|FK470797
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATA
EST: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATG GGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTG
genomic: TAAGCACACAAGCTGTCAATGCAAACACCCCTATCCTTGATACAACAATGgtattgcttt ... aatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTG
tgctataccttaatccaaagtttcttgttgatctcctcctctttcaatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCAATCCCGGAAAGGGCTTGTGCATGGATGTCTCATGGTTTCATGAGTGTAA
tgttgat putative branch site (score: 4)
tctcctcctctttcaa CT-rich tract
aaagttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtattgctttttatttatgctataatttgattatatttttttaaggaataaaatatgctctaatggatgccccatgtaatgcattttatcttgtaacattacaagcaagagttgaggatgttgctataccttaatccaaagtttcttgttgatctcctcctctttcaatgccttagGGAGGTGCTTATCAAGAATCTGGTCGAGTGTGGTATGCAAAAGACATAGCAATCCCGGAAAGGGCTTGTGCATGGATGTCTCATGGTTTCATGAGTGTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA