1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gagaacaacacttaaattacagccaaattttgtccttgatctaatcttacaattattagcaaatgattaatgttgagggtgaactgtttaatttaaacagATACTCAACCATCGCTTGGTGTGCTTCTATAAACAAGGGGATTGACGCAAATGTGGATTATGGCTCCAGAGCCACTAGCACTGCTGATGCTGTATTCAAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G37340.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTAAACGACATCTCTGCTATCTCTTTTGCTGCAGCTGTCATGTCTTTGAT ATACTCAACCATCGCTTGGTGTGCTTCTATAAACAAGGG-AT-GACGCAAA
genomic: TTAAACGACATCTCTGCTATCTCTTTTGCTGCAGCTGTCATGTCTTTGATgtaaccaaac ... atttaaacagATACTCAACCATCGCTTGGTGTGCTTCTATAAACAAGGGGATTGACGCAAA
cttacaattattagcaaatgattaatgttgagggtgaactgtttaatttaaacagATACTCAACCATCGCTTGGTGTGCTTCTATAAACAAGGGGATTGACGCAAATGTGGATTATGGCTCCAGAGCCACTAGCACTGCTGATGCTGTATTCAAC
aattattagcaaatga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gagaacaacacttaaattacagccaaattttgtccttgatctaatcttacaattattagcaaatgattaatgttgagggtgaactgtttaatttaaacagATACTCAACCATCGCTTGGTGTGCTTCTATAAACAAGGGGATTGACGCAAATGTGGATTATGGCTCCAGAGCCACTAGCACTGCTGATGCTGTATTCAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- -aacaaca
- - - - - - - - - -cagccaa
- - - - - - - - - - - - - - - -gtccttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gagggtg