Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaccttctgctccatttatttgagctaattttatttattttattttattttccttttagagctgctatcttcataaaactgagtcatctacagaccacatgatcctcttactactttatattttgttttgttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGAGAAGTGGGTTCCTGATTCAGATATTATTACTCAAACATTGGAAGAGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G33700.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G33700.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT5G16710.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtgaccttctgctccatttatttgagctaattttatttattttattttattttccttttagagctgctatcttcataaaactgagtcatctacagaccacatgatcctcttactactttatattttgttttgttggtt--tagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGAGAAGTGGGTTCCTGATTCAGATATTATTACTCAAACATTGGAAGAGAAG
                      |||  |  ||  |||  ||  ||    |        ||||  || | |||| || ||    ||| || | |        |  |  | | | |   || | || |  ||| ||| ||  ||||||| | ||  | | ||| || |||||||| || ||  | |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| || ||  | || |||||||||
---------------------gtgaattc-ttggattctttccataacgtgcctgaagtagacatgat-tcttgattaatggcagtgatttcct-------tagttttttcaatgggttgtgttcttgtttattgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGAGAAATGGGTTCCGGATTCAGATGTTATAACACAGGCTTTAGAAGAGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192296135|gb|FG989495.1|FG989495
EST:     CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATG                         GTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
genomic: CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATGgtgaccttct ... gttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
EST: gi|209722386|gb|BW665859.1|BW665859
EST:     CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATG                         GTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
genomic: CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATGgtgaccttct ... gttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
EST: gi|213609040|gb|DB957428.1|DB957428
EST:     CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATG                         GTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
genomic: CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATGgtgaccttct ... gttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
EST: gi|7147501|gb|AW509423.1|AW509423
EST:     CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATG                         GTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
genomic: CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATGgtgaccttct ... gttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
EST: gi|209708272|gb|BW678644.1|BW678644
EST:     CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATG                         GTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
genomic: CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATGgtgaccttct ... gttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
EST: gi|151403447|gb|EV273257.1|EV273257
EST:     CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATG                         GTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
genomic: CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATGgtgaccttct ... gttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
EST: gi|192299879|gb|FG990087.1|FG990087
EST:     CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAGGCCAGAATG                         GTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
genomic: CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATGgtgaccttct ... gttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
EST: gi|13789768|gb|BG652359.1|BG652359
EST:     CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATG                         GTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
genomic: CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATGgtgaccttct ... gttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
EST: gi|14011917|gb|BG726839.1|BG726839
EST:     CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATG                         GTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
genomic: CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATGgtgaccttct ... gttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
EST: gi|120534693|gb|EH262826.1|EH262826
EST:     CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATG                         GTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
genomic: CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATGgtgaccttct ... gttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
EST: gi|298165886|gb|HO008857.1|HO008857
EST:     CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATG                         GTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
genomic: CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATGgtgaccttct ... gttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
EST: gi|12691145|gb|BG157481.1|BG157481
EST:     CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATG                         GTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
genomic: CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATGgtgaccttct ... gttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
EST: gi|209705734|gb|BW661402.1|BW661402
EST:     CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATG                         GTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
genomic: CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATGgtgaccttct ... gttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
EST: gi|11688459|gb|BF596135.1|BF596135
EST:     CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATG                         GTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
genomic: CATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATGgtgaccttct ... gttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
EST: gi|20813171|gb|BQ297649.1|BQ297649
EST:     ATTTGACCAACAAGCCAGAATG                         GTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA
genomic: ATTTGACCAACAAGCCAGAATGgtgaccttct ... gttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catctacagaccacatgatcctcttactactttatattttgttttgttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGAGAAGTGGGTTCCTGATTCAGATATTATTACTCAAACATTGGAAGAGAAG
                    ctcttac  putative branch site (score: 3)
                                         ttttgtt  putative PPT
                       ttactactttatattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgaccttctgctccatttatttgagctaattttatttattttattttattttccttttagagctgctatcttcataaaactgagtcatctacagaccacatgatcctcttactactttatattttgttttgttggtttagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGAGAAGTGGGTTCCTGATTCAGATATTATTACTCAAACATTGGAAGAGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA