1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtatgagaactttttccttaatactaatagataaattgcgaaacccttcactatcatttttcttaatggcactccttgatgcttcataacttggtttgtctttatgttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G16220.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCEST: gi|298170350|gb|HO018974.1|HO018974
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCATTGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCEST: gi|151395074|gb|EV264945.1|EV264945
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCEST: gi|151393509|gb|EV263384.1|EV263384
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCEST: gi|192300022|gb|FG991840.1|FG991840
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCEST: gi|298189266|gb|HO037669.1|HO037669
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCEST: gi|193309192|gb|FK274012.1|FK274012
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCEST: gi|208171597|gb|GD971938.1|GD971938
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTEST: gi|208328399|gb|GE130103.1|GE130103
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATT
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCEST: gi|298196849|gb|HO041592.1|HO041592
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCEST: gi|192296626|gb|FG991194.1|FG991194
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCEST: gi|298177939|gb|HO023788.1|HO023788
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCEST: gi|208140882|gb|GD935686.1|GD935686
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCEST: gi|208118658|gb|GD918341.1|GD918341
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAEST: gi|208219559|gb|GE020615.1|GE020615
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAA
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGAACAAAAAGACAAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTEST: gi|193552401|gb|FK510320.1|FK510320
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGA-CAAAA-G-CAA-TGGTGATGTTGCAGTTAATCATT
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATEST: gi|192314382|gb|FK008058.1|FK008058
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTAT
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCEST: gi|208207703|gb|GE006266.1|GE006266
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTTGTCAGTTAATCATTEST: gi|192314383|gb|FK008059.1|FK008059
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTT-G-CAGTTAATCATT
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCEST: gi|208322070|gb|GE126003.1|GE126003
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCEST: gi|193567955|gb|FK524292.1|FK524292
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
EST: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAG GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
genomic: GGAGGGTGGTAGAGGTCCTAGCATATGGGATGCCTTTACACACACGGAAGgtatgagaac ... gttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATC
tcttaatggcactccttgatgcttcataacttggtttgtctttatgttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG
tcataac putative branch site (score: 2)
ttttatt putative PPT
tctttatgttttatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgagaactttttccttaatactaatagataaattgcgaaacccttcactatcatttttcttaatggcactccttgatgcttcataacttggtttgtctttatgttttattagGAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA