Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcgtgtccatctaccgtaattaattaatgattagtataggaaaattaaactgtgtggttaataattaattggtgggttaattgttgtagAGCTTATGTTATTGGGGTTCATATCGTTGCTTCTAACGGTAGGACAAGGTCCAATATCAAGAATATGCATTTCAGAAAAAGTTGCAGGGACATGGCACCC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G15920.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G15920.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv06s0004g03100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
---------gttcgtgtccatctaccgtaattaattaatgattagtataggaaaattaaactgtgtggttaataattaattggtgggttaattg---ttgtagAGCTTATGTTATTGGGGTTCATATCGTTGCTTCTAACGGTAGGACAAGGTCCAATATCAAGAATATGCATTTCAGAAAAAGTTGCAGGGACATGGCACCC
           ||| |   ||| | |||  | | |  |   |    ||     | |  |||| |    | |  |||     |      |   ||   |||||||||| |||||  | ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||  ||||| |  ||||| || ||| | |  |||||||  || ||||| ||
gtgcacccatctcgcgatgatc-atcgtcctcagtctactgtgttcatgtttgattggaactctactataatgaatctgacgaaaaactttctgggtttgtagAGCTAATGTTGCTAGGGTTCATATCCTTGCTCCTAACAGTAGGACAAGGTCTGATATCGACTATATGTATATCAAAGAGTGTTGCAGCAACTTGGCATCC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tataggaaaattaaactgtgtggttaataattaattggtgggttaattgttgtagAGCTTATGTTATTGGGGTTCATATCGTTGCTTCTAACGGTAGGACAAGGTCCAATATCAAGAATATGCATTTCAGAAAAAGTTGCAGGGACATGGCACCC
                    tggttaataattaatt  TA-rich tract