1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gttggtatatttttatatttatatatttttatgttcagaggtggaataatcgtattcagggaaaatgttctttgaaatttcactcagGTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGTGGAGAGCTATTTGAGAAAATCTGCAATGCAGGGCATTTTAATGAGGATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G06250.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTNNTAAG-AG GTCATTNTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGEST: gi|22931738|gb|BU548877.1|BU548877
genomic: CATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTT-TAAGGAGgttggtatat ... tttcactcagGTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGG
EST: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAG GTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGTEST: gi|213618240|gb|DB973010.1|DB973010
genomic: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAGgttggtatat ... tttcactcagGTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGT
EST: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAG GTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGTEST: gi|9258485|gb|BE346632.1|BE346632
genomic: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAGgttggtatat ... tttcactcagGTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGT
EST: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAG GTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGTEST: gi|254317661|gb|GR826645.1|GR826645
genomic: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAGgttggtatat ... tttcactcagGTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGT
EST: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAG GTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGTEST: gi|14259137|gb|BG882045.1|BG882045
genomic: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAGgttggtatat ... tttcactcagGTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGT
EST: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAG GTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGTEST: gi|14259185|gb|BG882093.1|BG882093
genomic: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAGgttggtatat ... tttcactcagGTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGT
EST: CATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGGAG GTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGEST: gi|19348943|gb|BM893475.1|BM893475
genomic: CATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGG-AGgttggtatat ... tttcactcagGTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGG
EST: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAG GTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGTEST: gi|209714671|gb|BW674234.1|BW674234
genomic: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAGgttggtatat ... tttcactcagGTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGT
EST: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAG GTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGTEST: gi|7684855|gb|AW755503.1|AW755503
genomic: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAGgttggtatat ... tttcactcagGTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGT
EST: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAG GTCATTNTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGTEST: gi|209697502|gb|BW670003.1|BW670003
genomic: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAGgttggtatat ... tttcactcagGTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGT
EST: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAG GTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGT
genomic: TCATTAATCACAGGTCTCTAAGACATCCTAACATTATCAGGTTTAAGGAGgttggtatat ... tttcactcagGTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGT
gttcagaggtggaataatcgtattcagggaaaatgttctttgaaatttcactcagGTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGTGGAGAGCTATTTGAGAAAATCTGCAATGCAGGGCATTTTAATGAGGATG
tttcactc CT-rich tract
tttgaaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttggtatatttttatatttatatatttttatgttcagaggtggaataatcgtattcagggaaaatgttctttgaaatttcactcagGTCATTTTAACACCTACTCATCTGGCCATTGTAATGGAATATGCATCTGGTGGAGAGCTATTTGAGAAAATCTGCAATGCAGGGCATTTTAATGAGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG