Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatgtatgttgtggaattcgcgcaattgcgtggttatgtgaatttgaatgtcaatgtgttgcttagtgcttactccctgtattgtttgtagTTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGTGCCGAAGATATTATGATGTTGAACAATGGCTGCCTTTGCTGCACTGTCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G43740.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G43740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g55630.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
-----gtatgtatgtatgttgtggaattcgcgcaattgcgtggttatgtgaatttgaatgtcaatgtgttgcttagtgcttactccctgtattgtttgtagTTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGTGCCGAAGATATTATGATGTTGAACAATGGCTGCCTTTGCTGCACTGTCA
       ||   |  ||   || |  |      |      ||        |  |  ||  ||| ||  || |    |   |      ||| |   ||| ||| ||| ||| ||||||| |||||||| || ||||||||  |||||||||| || || || || |||||| | || ||||| |||||||||||||||||  
aataatcattagtcaataaggttggctaaaactagcaagatgaaggccacagctacaaaatcagtgc-ttacaccatttatgtaatgtgtctcaattgcagTATGGAGAAGTTGATATTGATGGTTCATTAGTTGCTGCACAAACTGCTGGAGCTGAGGACATAATGATGCTAAATAATGGGTGCCTTTGCTGCACTGTTC

upper sequence: GLYMA10G43740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT1G80480.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtatgtatgtatgttgtggaattcgcgcaattgcgtggttatgtgaatttgaatgtcaatgtgttgctt---agtgcttactccctgt-attgtttgtagTTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGTGCCGAAGATATTATGATGTTGAACAATGGCTGCCTTTGCTGCACTGTCA
                     || ||  | |    |  |    ||||||    | | |  |||||||||   | | | |  | | ||| | |  |   ||||||||||| |||| || ||||| ||  | |||||| | ||| ||  ||| || || |||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||| |
--------------------gttagcttatt---atcctcgcctgaattcagttataatggtgttgctttctaattcatgtttcatgtgaattctctcagTTTGGTGAAGTTGACATTGATGGGTCACTTGTTGCTTCTAAATCTATTGGAGCTGAGGATATTGTGATGCTCAACAATGGCTGCCTTTGTTGCACTGTTA

upper sequence: GLYMA10G43740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ34673 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
gtatgtatgtatgttgtggaattcgcgcaattgcgtggttatgtgaatttgaatgtcaatgtgttgcttagtgcttactccctgtattgtttgtagTTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGTGCCGAAGATATTATGATGTTGAACAATGGCTGCCTTTGCTGCACTGTCA
                                  ||  || | |   | |   | |     | ||   |     ||      |||  | ||  |||||||| ||| |||  || ||||      | |||| ||    ||   |||   | |||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||  
----------------------------------gtacttgtttctctctttcttttttcttcttatctctcattttagttttgtgat-ttcatagTTTGGAGAAGTTGGCATCGATGACAGCCTCGTTGTTGGCCGAAAATCTGCCACGGAAGATATCATGATGCTCAACAATGGCTGTCTTTGCTGCACGGTGC

upper sequence: GLYMA10G43740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ31041 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
gtatgtatgtatgttgtggaattcgcgcaattgcgtggttatgtgaatttgaatgtcaatgtgttgcttagtgcttactc--cctgtattgttt-gtagTTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGTGCCGAAGATATTATGATGTTGAACAATGGCTGCCTTTGCTGCACTGTCA
                                       ||  ||  | |   | ||  | |  | ||||  ||| | |   | | | |  |||  |||||||| ||| |||  || ||||      | |||| ||    ||   ||    | |||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||  
--------------------------------------gtacttgtttctctctttcttttttcttcttatcgctcattttacttttgtgatttcatagTTTGGAGAAGTTGGCATCGATGACAGCCTCGTTGTTGGCCGAAAATCTTCCACGGAAGATATCATGATGCTCAACAATGGCTGTCTTTGCTGCACGGTGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23063927|gb|BU578701.1|BU578701
EST:     ATATTCTGACCGCGGAACATGGAAAGAAAATTGCGGTTATTGAGAATGAG                         TTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGT
genomic: ATATTCTGACCGCGGAACATGGAAAGAAAATTGCGGTTATTGAGAATGAGgtatgtatgt ... ttgtttgtagTTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGT
EST: gi|20448580|gb|BQ252704.1|BQ252704
EST:     ATATTCTGACCGCGGAACATGGAAAGAAAATTGCGGTTATTGAGAATGAG                         TTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGT
genomic: ATATTCTGACCGCGGAACATGGAAAGAAAATTGCGGTTATTGAGAATGAGgtatgtatgt ... ttgtttgtagTTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGT
EST: gi|16279819|gb|BI943632.1|BI943632
EST:     ATATTCTGACCGCGGAACATGGAAAGAAAATTGCGGTTATTGAGAATGAG                         TTTGGTGAAATTGATATACATGGTTCTTCGGCTGCTGCGAAATCTGCTGGT
genomic: ATATTCTGACCGCGGAACATGGAAAGAAAATTGCGGTTATTGAGAATGAGgtatgtatgt ... ttgtttgtagTTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGT
EST: gi|19452360|gb|BM953770.1|BM953770
EST:     ATATTCTGACCGCGGAACATGGAAAGAAAATTGCGGTTATTGAGAATGAG                         TTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGT
genomic: ATATTCTGACCGCGGAACATGGAAAGAAAATTGCGGTTATTGAGAATGAGgtatgtatgt ... ttgtttgtagTTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGT
EST: gi|16281457|gb|BI944497.1|BI944497
EST:     ATATTCTGACCGCGGAACATGGAAAGAAAATTGCGGTTATTGAGAATGAG                         TTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGGTGCGAANACTGCTGGT
genomic: ATATTCTGACCGCGGAACATGGAAAGAAAATTGCGGTTATTGAGAATGAGgtatgtatgt ... ttgtttgtagTTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGT
EST: gi|213608979|gb|DB962905.1|DB962905
EST:     ATATTCTGACCGCGGAACATGGAAAGAAAATTGCGGTTATTGAGAATGAG                         TTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGT
genomic: ATATTCTGACCGCGGAACATGGAAAGAAAATTGCGGTTATTGAGAATGAGgtatgtatgt ... ttgtttgtagTTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGT
EST: gi|20448652|gb|BQ252776.1|BQ252776
EST:     ATATTCTGACCGCGGAACATGGAAAGAAAATTGCGGTTATTGAGAATGAG                         TTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGT
genomic: ATATTCTGACCGCGGAACATGGAAAGAAAATTGCGGTTATTGAGAATGAGgtatgtatgt ... ttgtttgtagTTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtgaatttgaatgtcaatgtgttgcttagtgcttactccctgtattgtttgtagTTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGTGCCGAAGATATTATGATGTTGAACAATGGCTGCCTTTGCTGCACTGTCA
                              tgcttac  putative branch site (score: 2)
     atttgaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtatgtatgttgtggaattcgcgcaattgcgtggttatgtgaatttgaatgtcaatgtgttgcttagtgcttactccctgtattgtttgtagTTTGGTGAAATTGATATAGATGGTTCTTTGGTTGCTGCGAAAACTGCTGGTGCCGAAGATATTATGATGTTGAACAATGGCTGCCTTTGCTGCACTGTCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC