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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agaccacactatttagaatttaatgtcccaaatttcattatatggcataatacaagtttgcatttaacgtgcttattgatttctttgcttctgtcttcagGCTTTAAAAGAACTTCCTCGGGAAAAAGTCCAGTTGGCTACAAAATTTGGTCTTGTTAGATCTGATGGGGTGTTTGCTGGGGTAAAAGGTACTCCTGAAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G38890.3
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151393916|gb|EV263787.1|EV263787
EST:     CATCAGATTTTTATGGACTTAATCATGATAATGAAATTATGATTGGAAAG                         GCTTTAAAAGAACTTCCTCGGGAAAAAGTCCAGTTGGCTACAAAATTTGGT
genomic: CATCAGATTTTTATGGACTTAATCATGATAATGAAATTATGATTGGAAAGgtaacatatt ... ctgtcttcagGCTTTAAAAGAACTTCCTCGGGAAAAAGTCCAGTTGGCTACAAAATTTGGT
EST: gi|9898893|gb|BE607861.1|BE607861
EST:     AGATTTTTATGGACTTAATCATGATAATGAAATTATGATTGGAAAG                         GCTTTAAAAGAACTTCCTCGGGAAAAAGTCCAGTTGGCTACAAAATTTGGT
genomic: AGATTTTTATGGACTTAATCATGATAATGAAATTATGATTGGAAAGgtaacatatt ... ctgtcttcagGCTTTAAAAGAACTTCCTCGGGAAAAAGTCCAGTTGGCTACAAAATTTGGT
EST: gi|4396293|gb|AI495290.1|AI495290
EST:     CATCAGATTTTTATGGACTTAATCATGATAATGAAATTATGATTGGAAAG                         GCTTTAAAAGAACTTCCTCGGGAAAAAGTCCAGTTGGCTACAAAATTTGGT
genomic: CATCAGATTTTTATGGACTTAATCATGATAATGAAATTATGATTGGAAAGgtaacatatt ... ctgtcttcagGCTTTAAAAGAACTTCCTCGGGAAAAAGTCCAGTTGGCTACAAAATTTGGT
EST: gi|192323154|gb|FK017035.1|FK017035
EST:     CATCAGATTTTTATGGACTTAATCATGATAATGAAATTATGATTGGAAAG                         GCTTTAAAAGAACTTCCTCGGGAAAAAGTCCAGTTGGCTACAAAATTTGGT
genomic: CATCAGATTTTTATGGACTTAATCATGATAATGAAATTATGATTGGAAAGgtaacatatt ... ctgtcttcagGCTTTAAAAGAACTTCCTCGGGAAAAAGTCCAGTTGGCTACAAAATTTGGT
EST: gi|9899162|gb|BE608189.1|BE608189
EST:     AGATTTTTATGGACTTAATCATGATAATGAAATTATGATTGGAAAG                         GCTTTAAAAGAACTTCCTCGGGAAAAAGTCCAGTTGGCTACAAAATTTGGT
genomic: AGATTTTTATGGACTTAATCATGATAATGAAATTATGATTGGAAAGgtaacatatt ... ctgtcttcagGCTTTAAAAGAACTTCCTCGGGAAAAAGTCCAGTTGGCTACAAAATTTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cataatacaagtttgcatttaacgtgcttattgatttctttgcttctgtcttcagGCTTTAAAAGAACTTCCTCGGGAAAAAGTCCAGTTGGCTACAAAATTTGGTCTTGTTAGATCTGATGGGGTGTTTGCTGGGGTAAAAGGTACTCCTGAAT
                            tattgat  putative branch site (score: 3)
                                  tttctttgcttctgtc  CT-rich tract
                           ttattgatttcttt  TA-rich tract