1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tctccctcacctaagttattctgtggtttctttgtctccctaattagcattgatttgttcaacagaaaaactcacttgtatcaatttggtctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCCCATCTCCCATGCACTATGCTGGACCCACGGAGGTGCAGTGGCATGCAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G38760.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|7042637|gb|AW472531.1|AW472531
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|254331071|gb|GR842336.1|GR842336
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: AATGAAGCAACATGAGAAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTEST: gi|6455446|gb|AW186129.1|AW186129
genomic: AATGAAGCAACATGAG-AAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATT
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|4405506|gb|AI507655.1|AI507655
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGGATCCATATTCEST: gi|22540969|gb|BU090812.1|BU090812
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|254348551|gb|GR852230.1|GR852230
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|58017136|gb|CX703878.1|CX703878
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|23729086|gb|BU762628.1|BU762628
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|193408504|gb|FK374090.1|FK374090
genomic: CTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|192326995|gb|FK019242.1|FK019242
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|58025399|gb|CX712140.1|CX712140
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|17153084|gb|BM143017.1|BM143017
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|23734114|gb|BU765276.1|BU765276
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|254343487|gb|GR857243.1|GR857243
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|14125092|gb|BG789530.1|BG789530
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|14258477|gb|BG881385.1|BG881385
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|58024216|gb|CX710957.1|CX710957
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|298164007|gb|HO013652.1|HO013652
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|21887637|gb|BQ740850.1|BQ740850
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|6846352|gb|AW348642.1|AW348642
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|254347909|gb|GR854158.1|GR854158
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCAC-TGA-TGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|4405581|gb|AI507730.1|AI507730
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATG-TGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|298182852|gb|HO031587.1|HO031587
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|4289880|gb|AI437989.1|AI437989
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|10845078|gb|BF068249.1|BF068249
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|4293735|gb|AI442090.1|AI442090
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGGTGTTCTTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATEST: gi|58019576|gb|CX706318.1|CX706318
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGG-TGTTCTT-GATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATAT
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|15202988|gb|BI425756.1|BI425756
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|4291709|gb|AI437658.1|AI437658
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAACAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACCACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|9566071|gb|BE475509.1|BE475509
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|254343488|gb|GR857244.1|GR857244
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: GCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTAC-TGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|58015194|gb|CX701936.1|CX701936
genomic: GCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|254323346|gb|GR835847.1|GR835847
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTG-TC-TGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|19938443|gb|BQ081722.1|BQ081722
genomic: CGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCEST: gi|26048213|gb|CA784763.1|CA784763
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
EST: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAG GTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
genomic: CCAAAGCTGATGATGTCCCACTTGATTGGCGAATGAAGCAACATGAGAAGgtgtgtgtca ... ctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTC
agcattgatttgttcaacagaaaaactcacttgtatcaatttggtctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCCCATCTCCCATGCACTATGCTGGACCCACGGAGGTGCAGTGGCATGCAA
aactcac putative branch site (score: 2)
tttggtctttcttt putative PPT
tatcaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctccctcacctaagttattctgtggtttctttgtctccctaattagcattgatttgttcaacagaaaaactcacttgtatcaatttggtctttctttagGTACTTGAGGATGGTGTTCTTGATCCAGAGACAACTGTGGTATCCATATTCCCATCTCCCATGCACTATGCTGGACCCACGGAGGTGCAGTGGCATGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
tctccct
-ctccctc
- - - - - - - - - -tctgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aactcac