Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttttgtcaagcttcattattttggtctacaactgcattaactaatgcatactcatcagataagttgtagacataaatgtagcatacatgctttgctgcagATATGTTTCTGCTCAGAGGTACTGTGAAGCATTAGATATCCTACATTCAGGAGCGTGCATTCAATTGTCTCATGGGCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G35830.5
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192300499|gb|FG988856.1|FG988856
EST:     GATGGAAATTATTATGGAGCTCAGCAAATGTACAAATCCGTTAGTGCCAG                         ATATGTTTCTGCTCAGAGGTACTGTGAAGCATTAGATATCCTACATTCAGG
genomic: GATGGAAATTATTATGGAGCTCAGCAAATGTACAAATCCGTTAGTGCCAGgttcatacag ... tttgctgcagATATGTTTCTGCTCAGAGGTACTGTGAAGCATTAGATATCCTACATTCAGG
EST: gi|298175730|gb|HO018327.1|HO018327
EST:     GATGGAAATTATTATGGAGCTCAGCAAATGTACAAATCCGTTAGTGCCAG                         ATATGTTTCTGCTCAGAGGTACTGTGAAGCATTAGATATCCTACATTCAGG
genomic: GATGGAAATTATTATGGAGCTCAGCAAATGTACAAATCCGTTAGTGCCAGgttcatacag ... tttgctgcagATATGTTTCTGCTCAGAGGTACTGTGAAGCATTAGATATCCTACATTCAGG
EST: gi|7232476|gb|AW567831.1|AW567831
EST:     GATGGAAATTATTATGGAGCTCAGCAAATGTACAAATCCGTTAGTGCCAG                         ATATGTTTCTGCTCAGAGGTACTGTGAAGCATTAGATATCCTACATTCAGG
genomic: GATGGAAATTATTATGGAGCTCAGCAAATGTACAAATCCGTTAGTGCCAGgttcatacag ... tttgctgcagATATGTTTCTGCTCAGAGGTACTGTGAAGCATTAGATATCCTACATTCAGG
EST: gi|151412195|gb|EV282007.1|EV282007
EST:     GATGGAAATTATTATGGAGCTCAGCAAATGTACAAATCCGTTAGTGCCAG                         ATATGTTTCTGCTCAGAGGTACTGTGAAGCATTAGATATCCTACATTCAGG
genomic: GATGGAAATTATTATGGAGCTCAGCAAATGTACAAATCCGTTAGTGCCAGgttcatacag ... tttgctgcagATATGTTTCTGCTCAGAGGTACTGTGAAGCATTAGATATCCTACATTCAGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcatactcatcagataagttgtagacataaatgtagcatacatgctttgctgcagATATGTTTCTGCTCAGAGGTACTGTGAAGCATTAGATATCCTACATTCAGGAGCGTGCATTCAATTGTCTCATGGGCAG
                                            ctttgct  CT-rich tract
                          ataaatgta  TA-rich tract