Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgtaagagttttgatttccaaggttcctcattctttattatcttatctaaagttctttatctttcaaagtttccaaagttatgacccctgatgaccttgagaattttcagGGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G33350.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298195729|gb|HO044120.1|HO044120
EST:     TTT-GATCAAGATGACTATGGAATCATTTACCCTTGGGAAACTTACATGG                         GGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTG
genomic: TTTTGATCAAGATGACAATGGAATCATTTACCCTTGGGAAACTTACATGGgtacgtaaga ... gaattttcagGGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTG
EST: gi|298185669|gb|HO030882.1|HO030882
EST:     NNNNGATCAAGATGACAATGGAATCACTTACCCTTGGGAAACTTACATGG                         GGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTG
genomic: TTTTGATCAAGATGACAATGGAATCATTTACCCTTGGGAAACTTACATGGgtacgtaaga ... gaattttcagGGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTG
EST: gi|213591840|gb|DB973405.1|DB973405
EST:     NNNNGATCAAGATGACAATGGAATCATTTACCCTTGGGAAACTTACATGG                         GGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTG
genomic: TTTTGATCAAGATGACAATGGAATCATTTACCCTTGGGAAACTTACATGGgtacgtaaga ... gaattttcagGGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTG
EST: gi|298192764|gb|HO033198.1|HO033198
EST:     NNNNGATCAAGATGACAATGGAATCATTTACCCTTGGGAAACTTACATGG                         GGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTG
genomic: TTTTGATCAAGATGACAATGGAATCATTTACCCTTGGGAAACTTACATGGgtacgtaaga ... gaattttcagGGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTG
EST: gi|298184162|gb|HO029375.1|HO029375
EST:     NNNNGATCAAGATGACAATGGAATCATTTACCCTTGGGAAACTTACATGG                         GGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTG
genomic: TTTTGATCAAGATGACAATGGAATCATTTACCCTTGGGAAACTTACATGGgtacgtaaga ... gaattttcagGGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTG
EST: gi|298179629|gb|HO024844.1|HO024844
EST:     NNNNGATCAAGATGACAATGGAATCATTTACCCTTGGGAAACTTACATGG                         GGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTG
genomic: TTTTGATCAAGATGACAATGGAATCATTTACCCTTGGGAAACTTACATGGgtacgtaaga ... gaattttcagGGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTG
EST: gi|298164832|gb|HO010829.1|HO010829
EST:     NNNNGATCAAGATGACAATGGAATCATTTACCCTTGGGAAACTTACATGG                         GGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTG
genomic: TTTTGATCAAGATGACAATGGAATCATTTACCCTTGGGAAACTTACATGGgtacgtaaga ... gaattttcagGGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTG
EST: gi|298182340|gb|HO026515.1|HO026515
EST:     NNNNGATCAAGATGACAATGGAATCATTTACCCTTGGGAAACTTACATGG                         GGCTGCGTTCTATTGAATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTG
genomic: TTTTGATCAAGATGACAATGGAATCATTTACCCTTGGGAAACTTACATGGgtacgtaaga ... gaattttcagGGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttatctttcaaagtttccaaagttatgacccctgatgaccttgagaattttcagGGCTGCGTTCTATTGGATTTAATGTTGTTGCATCTGTTATTATGGCTATTGTTATCAATGTTGGATTGAGTTACCCCACTCTACCT
                              ccctgat  putative branch site (score: 4)
                                                ttttc  putative PPT
                   aaagttat  TA-rich tract