Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gttgacctttttttgtcgggtgatgcttggttaagccttaaatgtatgacaatattaatacttacagttatctgatggactaatacttttcttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACATATCG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G32590.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G32590.3 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g40890.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gttgacctttttttgtcgggtgatgcttggttaagccttaaatgtatgacaatattaatacttacagttatctgatggactaatacttttcttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACATATCG
  |    ||   | ||  | |  |  |  || | | | ||     |  |   |    |    | |  || |||  |    |       ||  | |  ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||   ||||||||||||||| ||  ||
acttcaattaaatcgtttgttagttttaagtcagggcatactctaactattgtggctaagtgttcctttgtctcctttgttctctgactttgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATATCACG

upper sequence: GLYMA10G32590.3 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT2G33470.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gttgacctttttttgtcgggtgatgcttggttaagccttaaatgtatgacaatattaatacttaca--gttatctgatggactaatacttttct-tttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACATATCG
           | |  |  |||||  ||  ||   |||       |  |   |  |  | | ||||   | |  | ||       |  || ||| |||  ||||||| ||||||||||||||| | || || ||||||||||||||||| |||||| ||
---agttcacgtatagcttgtgattgttcatttttcctatgtaacacaaatgttgtgtttcctacatgatgacttcatttttctgtggttatctattttccagATAAATTTGGAGCTGCTATGACTCTCGTGAAATCTGACATTGGTGGCAACATAACG

upper sequence: GLYMA10G32590.3 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0049g01330.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
-gttgacctttttttgtcgggtgatgcttggttaagccttaaatgtatgacaatattaatacttacagttatctgatggactaatacttttcttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACATATCG
  ||    |  |||   |  ||| |   |    ||          |||   | |  ||     |  | |    ||||     |||  | || || || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || |||
cattatgttcatttctacctgtgctctatatacaatttgagttcttatttgagtcctagcgtgt-taatgggttgatttttcaattatatttttatggcagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTAAAATCTGATATTGGTGGTAATATCTCG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298173249|gb|HO020233.1|HO020233
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTACAG                         ATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAGgtacaagctc ... cttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
EST: gi|151409417|gb|EV279225.1|EV279225
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAG                         ATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAGgtacaagctc ... cttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
EST: gi|151412396|gb|EV282208.1|EV282208
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAG                         ATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAGgtacaagctc ... cttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
EST: gi|213615020|gb|DB957058.1|DB957058
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAG                         ATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAGgtacaagctc ... cttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
EST: gi|254340633|gb|GR854361.1|GR854361
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAG                         ATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAGgtacaagctc ... cttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
EST: gi|298197177|gb|HO041920.1|HO041920
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTCATAG                         ATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAGgtacaagctc ... cttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
EST: gi|151411234|gb|EV281045.1|EV281045
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAG                         ATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAGgtacaagctc ... cttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
EST: gi|192326692|gb|FK018879.1|FK018879
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAG                         ATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAGgtacaagctc ... cttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
EST: gi|209707561|gb|BW680931.1|BW680931
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAG                         ATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAGgtacaagctc ... cttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
EST: gi|254340634|gb|GR854362.1|GR854362
EST:     TTTGACCCAG-CTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTG-TATAG                         ATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAGgtacaagctc ... cttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
EST: gi|151408958|gb|EV278766.1|EV278766
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAG                         ATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAGgtacaagctc ... cttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
EST: gi|193417916|gb|FK384308.1|FK384308
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAG                         ATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGT
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAGgtacaagctc ... cttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGT
EST: gi|193675524|gb|FK619538.1|FK619538
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAG                         ATAAGTTTGGA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAGgtacaagctc ... cttttgacagATAAGTTTGGA
EST: gi|193346658|gb|FK312124.1|FK312124
EST:     ACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAG                         ATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
genomic: ACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAGgtacaagctc ... cttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
EST: gi|192324104|gb|FK019395.1|FK019395
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAG                         ATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAGgtacaagctc ... cttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA
EST: gi|192295514|gb|FG988088.1|FG988088
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAG                         ATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCGGACATTGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTTCCTGTTATAGgtacaagctc ... cttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgacaatattaatacttacagttatctgatggactaatacttttcttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACATATCG
                                      tacttttctttt  CT-rich tract
     aatattaatacttaca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttgacctttttttgtcgggtgatgcttggttaagccttaaatgtatgacaatattaatacttacagttatctgatggactaatacttttcttttgacagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATTGGTGGTAACATATCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG