1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ataagtagacacaatcaagttcatgggcatcatctaaatatggctatacttttggctcatcagcagtctcatggtgtttacaatgtttatgtttttgaagGTCTGTGATGATCGTCATTCAGAGTTGATTCCCTGCTTAGATAGACATCTTATCTATCAAATGAGGATGAAGCTGGACCTGTCTGTGATGGAGCACTATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G32470.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTTCAGGCAGGGAGATGGGGAGGACAATATTGTTCCAAAGAGTTTCCCT GTCTGTGATGATCGTCATTCAGAGTTGATTCCCTGCTTAGATAGACATCTTEST: gi|8284424|gb|BE021983.1|BE021983
genomic: GTTTCAGGCAGGGAGATGGGGAGGACAATATTGTTCCAAAGAGTTTCCCTgtatgtttct ... gtttttgaagGTCTGTGATGATCGTCATTCAGAGTTGATTCCCTGCTTAGATAGACATCTT
EST: GTTTCAGGCAGGGAGATGGGGAGGACAATATTGTTCCAAAGAGTTTCCCT GTCTGTGATGATCGTCATTCAGAGTTGATTCCCTGCTTAGATAGACATCTT
genomic: GTTTCAGGCAGGGAGATGGGGAGGACAATATTGTTCCAAAGAGTTTCCCTgtatgtttct ... gtttttgaagGTCTGTGATGATCGTCATTCAGAGTTGATTCCCTGCTTAGATAGACATCTT
atacttttggctcatcagcagtctcatggtgtttacaatgtttatgtttttgaagGTCTGTGATGATCGTCATTCAGAGTTGATTCCCTGCTTAGATAGACATCTTATCTATCAAATGAGGATGAAGCTGGACCTGTCTGTGATGGAGCACTATG
tgttttt CT-rich tract
aatgtttatgttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ataagtagacacaatcaagttcatgggcatcatctaaatatggctatacttttggctcatcagcagtctcatggtgtttacaatgtttatgtttttgaagGTCTGTGATGATCGTCATTCAGAGTTGATTCCCTGCTTAGATAGACATCTTATCTATCAAATGAGGATGAAGCTGGACCTGTCTGTGATGGAGCACTATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - agacaca
- - - - - - - - - -ttcatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catcagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctcatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caatgtt