Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attaatcacattgggtttgttacattcagctatatgattgtgggttattaaactatattttagtgttgtttatttatgttatatattggaacgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTTAACAGCTCTGAGTATGTGCCAACCTATGAAGATAAGGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G32340.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G32340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT3G23050.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
attaatcacattgggtttgttacattcagctatatgat-tgtgggttattaaactatattt--tagtgttgtttatttatgttatatattggaacgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTTAACAGCTCTGAGTATGTGCCAACCTATGAAGATAAGGA
    ||     |   | | |   | | |  ||| |  | | |   |||   ||  ||      ||   || | |  || |   || | ||| |     | |||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||| |||| || || ||||||||||||||||||| ||| || || || ||
---gattttgctaaatgtatacaacttaaatatgtattatatatattacacaataatgacacataaatttatatgatttttgaatgtcttgaatatcttcaagGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCATGAACGAGAGCAAGCTAATGAATCTGCTGAATAGCTCTGAGTATGTGCCAAGCTACGAGGACAAAGA

upper sequence: GLYMA10G32340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT4G14550.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
---------------------------------attaatcacattgggtttg-ttaca--ttcagctatatgattgtg-ggttattaaactatattttagtgttgtttatttatgttatatattggaacgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTTAACAGCTCTGAGTATGTGCCAACCTATGAAGATAAGGA
                                 |||| |    ||| ||||  |||||  ||   || | | |   |   ||| ||    ||||        |  | |  | |  ||    |||   |    | |||| |  ||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||  ||||||||||  | ||||| ||||||||||| |||| ||| || || || ||
gtatgcattttcagacatataagtcgaattatcattattatttttgtgtttacttacaattttttctttttaacgatacagttttttccatatacgactaattaatatgataagttttgggattttgattaattaagGGAGTTATGGAGCACAAGGGATGATAGATTTCATGAACGAGAGTAAAGTGATGGATCTGTTGAACAGTTCTGAGTATGTTCCAAGCTACGAGGACAAAGA

upper sequence: GLYMA10G32340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0020g04690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
---atta-atcacattgggtttgttacattcagctatatgattgtgggttattaaactatattttagtgttgtttatttatgttata-tattggaacgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTTAACAGCTCTGAGTATGTGCCAACCTATGAAGATAAGGA
   | |  | ||   | |  | ||   ||| |    | | ||  | || |  |||    |||  ||||  || |    | ||||||  |  ||||     || ||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
tgtactgtaacaacctagcatggtgttattgatacttttaatgttaggcttataa----tatactagtaatgatctcct-tgttatggtcatggattcattgcagGCAACTATGGGGCCCAGGGAATGATAGATTTTATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTTTGAACAGCTCTGAATATGTTCCAACCTATGAAGATAAGGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192319925|gb|FK012973.1|FK012973
EST:     ATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: ATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|192333623|gb|FK025762.1|FK025762
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCC
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCC
EST: gi|14991595|gb|BI317268.1|BI317268
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|12687908|gb|BG154304.1|BG154304
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|192322219|gb|FK014115.1|FK014115
EST:     CAAAGACTTGTCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|31306889|gb|CD392092.1|CD392092
EST:     CNAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|10848303|gb|BF071715.1|BF071715
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|10233565|gb|BE802453.1|BE802453
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|19053573|gb|BM732240.1|BM732240
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|41145593|gb|CK605804.1|CK605804
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|27426769|gb|CA938289.1|CA938289
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|15661889|gb|BI699260.1|BI699260
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|151412790|gb|EV282602.1|EV282602
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|37997457|gb|CF809046.1|CF809046
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|151412567|gb|EV282379.1|EV282379
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|15815503|gb|BI787778.1|BI787778
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGTCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|192319926|gb|FK012974.1|FK012974
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|26269385|gb|CA820448.1|CA820448
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|7286253|gb|AW598740.1|AW598740
EST:     GCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: GCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|9258968|gb|BE347115.1|BE347115
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|31459036|gb|CD401064.1|CD401064
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|8283335|gb|BE020896.1|BE020896
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTNCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|151412486|gb|EV282298.1|EV282298
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|10844620|gb|BF067790.1|BF067790
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: gi|15286249|gb|BI470140.1|BI470140
EST:     CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGG                         GTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CAAAGACTTATCTGATGCCTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACCATGGgttagtaaca ... acgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattaaactatattttagtgttgtttatttatgttatatattggaacgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTTAACAGCTCTGAGTATGTGCCAACCTATGAAGATAAGGA
     aactatattttagtgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attaatcacattgggtttgttacattcagctatatgattgtgggttattaaactatattttagtgttgtttatttatgttatatattggaacgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTTAACAGCTCTGAGTATGTGCCAACCTATGAAGATAAGGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- -aatcaca
- - - - - - gggtttg
- - - - - - - - - - -acattca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgtggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agtgttg