1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...ctgatcctaatgatggagtaatactgtgattaatccgattgattatgatgaaaagattgaatgtaattaacagttgaatgtgttttctttgtttacttagACAAGGTTACACGTTCGGACTGCCAGTTTAAGCTTAAGGAAACTGAGAGATTAGAGGATTCTAAGAGCAGCAGAGAGCAAAATAACGATGAGAGAGTCTC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G30840.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTCGATGGCTAGTAATTCATCAGGGAATTCTACTTTTCCTAATGATATCA ACAAGGTTACACGTTCGGACTGCCAGTTTAAGCTTAAGGAAACTGAGAGATEST: gi|298175065|gb|HO018060.1|HO018060
genomic: GTCGATGGCTAGTAATTCATCAGGGAATTCTACTTTTCCTAATGATATCAgtgagtcaat ... gtttacttagACAAGGTTACACGTTCGGACTGCCAGTTTAAGCTTAAGGAAACTGAGAGAT
EST: GTCGATGGCTAGTAATTCATCAGGGAATTCTACTTTTCCTAATGATATCA ACAAGGTTACACGTTCGGACTGCCAGTTTAAGCTTAAGGAAACTGAGAGAT
genomic: GTCGATGGCTAGTAATTCATCAGGGAATTCTACTTTTCCTAATGATATCAgtgagtcaat ... gtttacttagACAAGGTTACACGTTCGGACTGCCAGTTTAAGCTTAAGGAAACTGAGAGAT
tgatgaaaagattgaatgtaattaacagttgaatgtgttttctttgtttacttagACAAGGTTACACGTTCGGACTGCCAGTTTAAGCTTAAGGAAACTGAGAGATTAGAGGATTCTAAGAGCAGCAGAGAGCAAAATAACGATGAGAGAGTCTC
aattaac putative branch site (score: 2)
ttttctttgtttactt putative PPT
attgaatgtaattaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgatcctaatgatggagtaatactgtgattaatccgattgattatgatgaaaagattgaatgtaattaacagttgaatgtgttttctttgtttacttagACAAGGTTACACGTTCGGACTGCCAGTTTAAGCTTAAGGAAACTGAGAGATTAGAGGATTCTAAGAGCAGCAGAGAGCAAAATAACGATGAGAGAGTCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
ctgatcc
- - - - - -gatggag
- - - - - - - - - - -tactgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaagat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaatgta