Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattgttttttagttttttgctggttggttttgttttcgtgtttagagaatatgaggtgagatctgttgtttatttgtgattgttcttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCCAGTGGCAGGACAAACTTTCGTTGTGGACAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G27570.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G27570.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT5G35620.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtaattgttttttagttttttgctggttggttttgttttcgtgtttagagaatatgaggtgagatct-gttgtttatttgtgattgttcttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCC---AGT---GGCAGGACAAACTTTCGTTGTGGACAA
||| |   || | |   |    ||      ||    ||  |||||| |  |  ||||  || | | | | ||  |  || |  || || |      ||| |||||||||||||||| || |||||||| || || || || || |||||||||||||||||||| || |   |||    ||| ||||| || || ||||      
gtattacattctaaccctaaccctaaccttttactcttctgtgttttgttag-atgatatgtggttttggtgactggttctatttcttatgatatgtagTTGATGGCTTTGATTGGAGAGCAATTTGATGAAGCAGATGAGATTTGTGGTGTGGTTGCTAGTGTCCGTCCACAGTCGAAGCAAGACAAGCTCTCCTTGT------

upper sequence: GLYMA10G27570.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0049g01770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
----------------gta-attgttttttagtttt-------ttgctggttggttttgttttcgtgtttagagaatatgaggtgagatctgtt-gtttatttgtgat-tgttcttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCCAGTGGCAGGACAAACTTTCGTTGTGGACAA
                | | || ||||| | | | |       ||  |||  |   |    |    ||| |    | |   |   | ||| |   ||| ||   |||| |||| |   |  ||| ||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||||| || ||  ||||||| || ||| |  ||||||| |
gtaaaatgtgaactttgcatatagttttctggatctgacaatatttttgggagacatgagctgttggttcattttagagttgaacatatcagcaagttgataattgatgtgttttattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGTGTGGTTGCAAGTGTACGTCAAAGGCAGGATAAGCTTGCTCTGTGGACTA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298169150|gb|HO020510.1|HO020510
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298167914|gb|HO013177.1|HO013177
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298194327|gb|HO040975.1|HO040975
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298167529|gb|HO012792.1|HO012792
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298176942|gb|HO026949.1|HO026949
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATGTGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298164873|gb|HO010870.1|HO010870
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAAGTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|208329254|gb|GE131686.1|GE131686
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298177859|gb|HO027412.1|HO027412
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298164697|gb|HO014342.1|HO014342
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         TTGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|208272541|gb|GE067909.1|GE067909
EST:     AAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: AAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298195261|gb|HO043789.1|HO043789
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         AAGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|7146158|gb|AW508143.1|AW508143
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATNNGTG
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATAT--GTG
EST: gi|298174417|gb|HO014562.1|HO014562
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|10845486|gb|BF068605.1|BF068605
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTNTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGNG
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTG-G
EST: gi|298174019|gb|HO017355.1|HO017355
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298165203|gb|HO011252.1|HO011252
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298184604|gb|HO029817.1|HO029817
EST:     CCGGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ACGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|208099506|gb|GD897873.1|GD897873
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298195765|gb|HO044156.1|HO044156
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGGTGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298173473|gb|HO016809.1|HO016809
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298176128|gb|HO015533.1|HO015533
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
EST: gi|213609048|gb|DB962918.1|DB962918
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAG
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAG
EST: gi|5127027|gb|AI748763.1|AI748763
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttagagaatatgaggtgagatctgttgtttatttgtgattgttcttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCCAGTGGCAGGACAAACTTTCGTTGTGGACAA
                                       ttgttcttc  CT-rich tract
                         ttgtttattt  TA-rich tract