1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...attttgtagaaagttaactaatggtgtatgtgaatataaaattgaatcgtgcagctgattcgatggtattaattattggtgtgttcttgatatatttaagGAAATTGTGAATCCCAAGGCTTCAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTGAACAGCTCCGACTATGTCCCGACCTATGAAGACAGGGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G03720.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCCTGAGCTCTCTGATGCCTTGGGCAAAATGTTTAGCTCCTTCACCATTG GAAATTGTGAATCCCAAGGCTTCAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|12772249|gb|BG237176.1|BG237176
genomic: CCCTGAGCTCTCTGATGCCTTGGGCAAAATGTTTAGCTCCTTCACCATTGgtaactataa ... tatatttaagGAAATTGTGAATCCCAAGGCTTCAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CCCAGAGCTCTCTGATGCCTTGGGCAAAATGTTTAGCTCCTTCACCATTG GAAATTGTGAATCCCAAGGCTTCAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|9820706|gb|BE556216.1|BE556216
genomic: CCCTGAGCTCTCTGATGCCTTGGGCAAAATGTTTAGCTCCTTCACCATTGgtaactataa ... tatatttaagGAAATTGTGAATCCCAAGGCTTCAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CCTGAGCTCTCTGATGCCTTGGGGCAAA-TGTTTAGCTCCTTCACCATTG GAAATTGTGAATCC-AAGGCTTCAAGGATT-CATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|16345396|gb|BI970991.1|BI970991
genomic: CCTGAGCTCTCTGATGCCTTGGG-CAAAATGTTTAGCTCCTTCACCATTGgtaactataa ... tatatttaagGAAATTGTGAATCCCAAGGCTTCAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: ATGTTTAGCTCCTTCACCATTG GAAATTGTGAATCCCAAGGCTTCAAGGANNNCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|214005956|gb|DB986559.1|DB986559
genomic: ATGTTTAGCTCCTTCACCATTGgtaactataa ... tatatttaagGAAATTGTGAATCCCAAGGCTTCAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: GATGCCTTGGGCAAAATGTTTAGCTCCTTCATCATTG GAAATTGTGACTCCCAAGGCTTCAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGAEST: gi|16345395|gb|BI970990.1|BI970990
genomic: GATGCCTTGGGCAAAATGTTTAGCTCCTTCACCATTGgtaactataa ... tatatttaagGAAATTGTGAATCCCAAGGCTTCAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
EST: CCCTGAGCTCNCTGATGCCTTGGGCNNNATGTTTAGCTCCTTCACCATTG GAAATTGTGAATCCCAAGGCTTCAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
genomic: CCCTGAGCTCTCTGATGCCTTGGGCAAAATGTTTAGCTCCTTCACCATTGgtaactataa ... tatatttaagGAAATTGTGAATCCCAAGGCTTCAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGA
atcgtgcagctgattcgatggtattaattattggtgtgttcttgatatatttaagGAAATTGTGAATCCCAAGGCTTCAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTGAACAGCTCCGACTATGTCCCGACCTATGAAGACAGGGA
ttcttgatatatttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attttgtagaaagttaactaatggtgtatgtgaatataaaattgaatcgtgcagctgattcgatggtattaattattggtgtgttcttgatatatttaagGAAATTGTGAATCCCAAGGCTTCAAGGATTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTGAACAGCTCCGACTATGTCCCGACCTATGAAGACAGGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - -ctaatgg
- - - - - - - - - - - - tgtatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cagctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gatggta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - attggtg