1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...attgcattcatgtaaattttatgttaattacttagactggataatgatttcttatatttgcattggaatatctaaaattgtttactatttatactgccagAAATATTGTGTCAACGGTCAATTTGGACTGTAAGTTGGAGCTTAAATCAATTGCACTTCAAGCTCGAAATGCAGAATACAATCCCAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G41330.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAACCTGTGGATTTAACAAAGCACCCTTCTGGGATTGTGCCTACCCTTCA AAATATTGTGTCAACGGTCAATTTGGACTGTAAATTGGAGCTTAAATCAATEST: gi|19270744|gb|BM887000.1|BM887000
genomic: CAACCTGTGGATTTAACAAAGCACCCTTCTGGGATTGTGCCTACCCTTCAgtgagtatca ... atactgccagAAATATTGTGTCAACGGTCAATTTGGACTGTAAGTTGGAGCTTAAATCAAT
EST: ATTTAACAAAGCACCCTTCTGGGATTGTGCCTACCCTTCA AAATATTGTGTCAACGGTCAATTTGGACTGTAAATTGGAGCTTAAATCAATEST: gi|21887668|gb|BQ740881.1|BQ740881
genomic: ATTTAACAAAGCACCCTTCTGGGATTGTGCCTACCCTTCAgtgagtatca ... atactgccagAAATATTGTGTCAACGGTCAATTTGGACTGTAAGTTGGAGCTTAAATCAAT
EST: CAACCTGTGGATTTAACAAAGCACCCTTCTGGGATTGTGCCTACCCTTCA AAATATTGTGTCAACGGTCAATTTGGACTGTAAATTGGAGCTTAAATCAAT
genomic: CAACCTGTGGATTTAACAAAGCACCCTTCTGGGATTGTGCCTACCCTTCAgtgagtatca ... atactgccagAAATATTGTGTCAACGGTCAATTTGGACTGTAAGTTGGAGCTTAAATCAAT
gatttcttatatttgcattggaatatctaaaattgtttactatttatactgccagAAATATTGTGTCAACGGTCAATTTGGACTGTAAGTTGGAGCTTAAATCAATTGCACTTCAAGCTCGAAATGCAGAATACAATCCCAAG
atctaaa putative branch site (score: 3)
aatatctaaaattgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attgcattcatgtaaattttatgttaattacttagactggataatgatttcttatatttgcattggaatatctaaaattgtttactatttatactgccagAAATATTGTGTCAACGGTCAATTTGGACTGTAAGTTGGAGCTTAAATCAATTGCACTTCAAGCTCGAAATGCAGAATACAATCCCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT