Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgttgttttgtcctgttttgagatctttatcaatatttctgtattatgcaccttcctttttcaatagtctttttttatctgtttgatggcttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTTATCCTTACAAATCTCCTTCCATTGGATTTATCAACAAGATCTATCACCC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G39370.4
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G39370.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os10g31000.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
ttgttgttttgtcctgttt--tgagatctttatcaatatttctgtattatgcaccttcctttttcaatagtctttttttatc--tgtttgatggcttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTTATCCTTACAAATCTCCTTCCATTGGATTTATCAACAAGATCTATCACCC
   |   |||  |||| ||  | || |    |  | || |  ||| | |   ||           |    |    | | ||   |||||| |   ||| |||||||  |||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||  | |||||||| ||||| ||
---tgaattttgcctgcttgttcagttgaccaggagtagtcttgtttcagtgactggggaagagaagatatggagtctgatgaatgtttgcttaattt-ggcagGTATTTATCAAGGTGGTGTCTGGAAGGTTAGAGTAGAATTGCCTGATGCATATCCTTACAAATCTCCGTCGATTGGTTTCGTTAACAAGATTTATCATCC

upper sequence: GLYMA09G39370.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G053764_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
ttgttgttttgtcctgttttgagatctttatcaatatttctgtattatgcaccttcctttttcaatagtctttttttatctgtttgatggct--tttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTTATCCTTACAAATCTCCTTCCATTGGATTTATCAACAAGATCTATCACCC
|  |    |||    |||      |       ||   | ||   || |    | |  ||| |||   |  |||    |     ||  |      ||||| ||||   || || || ||||| ||||| || || || ||  |||| ||||| |||||||||||||| || ||||| || || ||||||||||| ||||||||
tcatc--cttgattggttgctcagttgacccgaaccgtccttccttttcagtcatagtttatcacaggattttgccaaataaattcgtactcaatttggtagGTATCTACCAAGGCGGTGTCTGGAAGGTTAGGGTAGAACTGCCTGATGCATATCCTTACAAATCCCCGTCCATCGGCTTCATCAACAAGATTTATCACCC

upper sequence: GLYMA09G39370.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G053764_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
---ttgttgttttgtcctgttttgagatctttatcaatatttctgtattatgcaccttcctttttcaatagtctttttttatctgtttg-atggcttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTTATCCTTACAAATCTCCTTCCATTGGATTTATCAACAAGATCTATCACCC
   |  ||| || ||  || |  |    |   | |  |  |||  | | |  ||   |  || |   |   | ||     ||   || | |   | ||||| ||||   || || || ||||| ||||| || || || ||  |||| ||||| |||||||||||||| || ||||| || || ||||||||||| ||||||||
tcatccttgattggt--tgctcagttgacccgaaccgtccttccttttcagtcatagt--ttatcacaggattttgccaaataaattcgcactccatttggtagGTATCTACCAAGGCGGTGTCTGGAAGGTTAGGGTAGAACTGCCTGATGCATATCCTTACAAATCCCCGTCCATCGGCTTCATCAACAAGATTTATCACCC

upper sequence: GLYMA09G39370.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G150867_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 1
ttgttgttttg-tcctgttttgagatctttatcaatatttctgtattatgcaccttcctttttcaatagtctttttttatc--tgtttgatggcttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTTATCCTTACAAATCTCCTTCCATTGGATTTATCAACAAGATCTATCACCC
    | | ||  |  ||   | | | ||| |    | |  ||| | ||   |  |             |   | | ||||   |  ||    |  ||    |||   |||||| || ||| | ||||  || ||||| ||  |||| ||||| |||||||||||||| || || ||||| || ||||| ||||| ||||||||
--actatcttaatgttgcacttaaagcttcagtcttgtc-ctgcactagtgatttaggagggctggctgcactatcttatggatactttgctgaattcaatagGCATTTATCAAGGAGGTATATGGAGGGTTAGAGTAGAACTGCCAGATGCGTATCCTTACAAATCCCCATCGATTGGTTTCATCAATAAGATATATCACCC

upper sequence: GLYMA09G39370.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S161_122V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
ttgttgttttgtcc-tgttttgagatctttatcaatatttctgtattatgcaccttcctttttcaatagtctttttt--tatctgtttgatggcttttg-gcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTTATCCTTACAAATCTCCTTCCATTGGATTTATCAACAAGATCTATCACCC
    ||  |||  |   ||||    | ||    ||      |   |  | | |  |   ||   || || ||        ||| | |  || | | |||  ||||||| ||||| |  ||    |||||| |  ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||| |||||  || ||
----tgagttgcacacatttttgtgtattccgaaactgggattcgtcgttctctatatattggtaaaagcctgacgagacatcggatgaatcggtgttgcacagGTCCATATCAAGAAGGGACCTGGAAAATCCGAGTTGAATTGCCCGATGCTTATCCCTACAAATCTCCTTCCATTGGGTTTGTGAACAGGATCTTCCATCC

upper sequence: GLYMA09G39370.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S37_166V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
ttgttgttttgtcctg--ttttgagatctttatcaatatt-tctgtattatgcaccttcctttttcaatagtctttttttatctgtttgatggcttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTTATCCTTACAAATCTCCTTCCATTGGATTTATCAACAAGATCTATCACCC
   ||| ||||  | |  ||| | ||  |  |  | ||   | |   ||   |  | |  || | ||||| |  |    || | | |  || |   |||||||||||||| || |  ||    |||||  |  |||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | || | |||||  || ||
---ttggtttgctcagactttcgtgacttacaggattaggatttacttttctcttcatatttgtgcaatactgatgccatagcggatgaattggggttggcagGTCCTTACCAAGAAGGAACCTGGAAGATCCGAGTCGAATTGCCTGATGCTTATCCCTACAAGTCTCCTTCCATTGGGTTTGTGAATAGGATCTTCCATCC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298176485|gb|HO026720.1|HO026720
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|151393517|gb|EV263392.1|EV263392
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|254327210|gb|GR836819.1|GR836819
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|192294831|gb|FG987520.1|FG987520
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|151395834|gb|EV265711.1|EV265711
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGGCA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|298193444|gb|HO033878.1|HO033878
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|298195504|gb|HO043895.1|HO043895
EST:     TAATGATGGTATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|254327211|gb|GR836820.1|GR836820
EST:     TCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|7924716|gb|AW830742.1|AW830742
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|17020964|gb|BM091998.1|BM091998
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
EST: gi|298191356|gb|HO038835.1|HO038835
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACA                         GTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAATTTTATGTGCAATTCCATGGACCCAATGACAgtgagttccc ... cttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgcaccttcctttttcaatagtctttttttatctgtttgatggcttttggcagGTCCTTATCATGGTGGTGTGTGGAAAGTAAGAGTTGAGTTGCCGGATGCTTATCCTTACAAATCTCCTTCCATTGGATTTATCAACAAGATCTATCACCC
                                    gtttgat  putative branch site (score: 5)
                                             ctttt  putative PPT
            tttttcaatagtcttt  TA-rich tract