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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caaaatatttcatcatcttctatatgctttagtttccttccatgttttatttgggtgatatgcgacttgtgtgattttctgaattctataccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCATCGTGCTGGCAAATTCGAAGCCAAATTCTTTGACAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G36870.3
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G36870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os11g39300.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
caaaatatttcatc----atctt-ctatatgctttagtttccttccatgttttatttgggtgatatgcgacttgtgtgattttctgaattctataccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCATCGTGCTGGCAAATTCGAAGCCAAATTCTTTGACAAG
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ctgaattgttcacctgagatgttactgtaacgagtagtcagct--catcttgt-tcccattcctattctaactac-taatcacaagaattcttcgttgtgt-tagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCTATGAATGTGACTATGACAAACTGTCTTGCAGGAAAATTTGAACCGAAGTTCTTTCACAAG

upper sequence: GLYMA09G36870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os08g21660.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
caaaatatttcatcatctt-ctatatgctttagtttccttccatgttttatttgggtgatatgcgacttg---tgtgattttctgaattctataccttgtgt-agGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCATCGTGCTGGCAAATTCGAAGCCAAATTCTTTGACAAG
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-----agttccacaatgttgctaggtagttgaatgaaatattatattgcttatggaccacttttggactacattgtggatgccctaagaaatcttgttgtgttagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGTCGTGCAGGAAAATTTGAAGCGAAATTTTTTCACAAG

upper sequence: GLYMA09G36870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT2G46280.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
caaaatatttcatcatcttctatatgctttagtttcct-tccatgttttatttgggtgatatgcgacttgtgtgattttctgaattctataccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCATCGTGCTGGCAAATTCGAAGCCAAATTCTTTGACAAG
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----gtatgcactaatgcttcatgaaattcaatttcgaatcccagaatcagcaaggcatgatgttatctttgtgaatgtttctgctct----ctcttttagGTTGTACTTGGAGGTGGTCAAGATGCATCAGCTGTGACTACCACTGATCATCGTGCTGGAAAGTTTGAAGCTAAGTTTTACGACAAG

upper sequence: GLYMA09G36870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT2G46290.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 6
caaaatatttcatcat-cttctatatgctttagtttccttccatgttttatttgggtgatatgcgacttgtgtgattttctgaattctataccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCATCGTGCTGGCAAATTCGAAGCCAAATTCTTTGACAAG
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----gtatgcactaatgcttcttgaaattcaaattcggttcccaaaagcaacaagtcttgatgttatctttgtgaatgtttctgctctcgctctttt--agGTTGTGCTTGGAGGTGGTCAAGATGCATCAGCTGTGACTACCACTGATCATCGTGCTGGGAAGTTTGAAGCTAAGTTTTACGACACG

upper sequence: GLYMA09G36870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv01s0011g06630.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
caaaatatttcatcatcttc--tatatgctttagtttccttccatgttttatttgggtgat-atgcgacttgtgtgattttctgaattctataccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCATCGTGCTGGCAAATTCGAAGCCAAATTCTTTGACAAG
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---tatacttacatgtgttgggtatataaatttacagatggtggaaatagatatcgctgattgttcatgctgtttctaactttgattcttttgtgttctccagGTAGTACTAGGAGGTGGTCAAGATGCATCACATGTCACAACAACTGATCATCGTGCTGGAAAGTTTGAGGCAAAATTCTATGATAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193484988|gb|FK452912.1|FK452912
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193728548|gb|FK664604.1|FK664604
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208167956|gb|GD960050.1|GD960050
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGA
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGA
EST: gi|208152346|gb|GD946161.1|GD946161
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|7639005|gb|AW733337.1|AW733337
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208211572|gb|GE011359.1|GE011359
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193402616|gb|FK368114.1|FK368114
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208253948|gb|GE055954.1|GE055954
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCT
EST: gi|193524469|gb|FK483096.1|FK483096
EST:     TCTTGATCATTGT-T                         G-GTTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCA
genomic: TCTTGATCA-TGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCA
EST: gi|207790777|gb|GD761914.1|GD761914
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|207715870|gb|GD699318.1|GD699318
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193553001|gb|FK507412.1|FK507412
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAA
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAA
EST: gi|193565006|gb|FK520149.1|FK520149
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGAT--TCTAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208169663|gb|GD967358.1|GD967358
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208260054|gb|GE057634.1|GE057634
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193604344|gb|FK558973.1|FK558973
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208150384|gb|GD946957.1|GD946957
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208163490|gb|GD964936.1|GD964936
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGA
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGA
EST: gi|193640568|gb|FK587605.1|FK587605
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAG
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAG
EST: gi|193324290|gb|FK288832.1|FK288832
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|120495908|gb|EH224075.1|EH224075
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193519184|gb|FK474949.1|FK474949
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAA
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAA
EST: gi|120495980|gb|EH224147.1|EH224147
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208279826|gb|GE078456.1|GE078456
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193638200|gb|FK586694.1|FK586694
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|207760801|gb|GD734124.1|GD734124
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208263864|gb|GE065272.1|GE065272
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208080480|gb|GD877214.1|GD877214
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|298193520|gb|HO034126.1|HO034126
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208102732|gb|GD897473.1|GD897473
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|57575042|gb|CX548017.1|CX548017
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193694986|gb|FK634358.1|FK634358
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|207774965|gb|GD748525.1|GD748525
EST:     AGAACGTCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC--G--T                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|207705762|gb|GD686838.1|GD686838
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193512199|gb|FK468165.1|FK468165
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|193670953|gb|FK613789.1|FK613789
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC--GT--                         GTGGTTATTGGAGG
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGG
EST: gi|208312177|gb|GE109917.1|GE109917
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|208267602|gb|GE065181.1|GE065181
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|58016949|gb|CX703691.1|CX703691
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|120495225|gb|EH223392.1|EH223392
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGT--                         G-G-TTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
EST: gi|120495784|gb|EH223951.1|EH223951
EST:     AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATC----AT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT
genomic: AGAACGCCCAGTCAATGCAGTTACCATGTCACCTCTTCTTGATCATGTATgtatctacgc ... ccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttatttgggtgatatgcgacttgtgtgattttctgaattctataccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCATCGTGCTGGCAAATTCGAAGCCAAATTCTTTGACAAG
                                    aattctata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
caaaatatttcatcatcttctatatgctttagtttccttccatgttttatttgggtgatatgcgacttgtgtgattttctgaattctataccttgtgtagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAGGATGCCTCAGCTGTTACAACTACTGATCATCGTGCTGGCAAATTCGAAGCCAAATTCTTTGACAAG

- - - - - - -catcttc
- - - - - - - - - - tatatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ccttcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgtga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaattc