1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...tgcacaaaattttagagtcttccagatttggtttttttgttctgttgaattgtgtgctcactttgaaatgggatttggatgtggtttttgatatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTTCAAGAATTTGGATAAGCTTGTGAAGAAAATAGATGGGGATATCTTGTCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G06650.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTCATGCTTTTACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTTEST: gi|26057707|gb|CA800621.1|CA800621
genomic: GTTCATGCTTTTACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... atatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
EST: GTTCATGCTTTGACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTTEST: gi|7924614|gb|AW830640.1|AW830640
genomic: GTTCATGCTTTTACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... atatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
EST: GGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTTEST: gi|298188023|gb|HO031980.1|HO031980
genomic: GGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... atatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
EST: GTTCATGCTTTGACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGGEST: gi|298182212|gb|HO026387.1|HO026387
genomic: GTTCATGCTTTTACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... atatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGG
EST: GTTCATGCTTTGACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTTEST: gi|209726445|gb|BW662810.1|BW662810
genomic: GTTCATGCTTTTACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... atatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
EST: GTTCATGCTTTGACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGEST: gi|298185759|gb|HO028070.1|HO028070
genomic: GTTCATGCTTTTACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... atatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAG
EST: GTTCATGCTTTGACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTTEST: gi|254325977|gb|GR838858.1|GR838858
genomic: GTTCATGCTTTTACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... atatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
EST: GTTCATGCTTTTACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTTEST: gi|192296179|gb|FG991549.1|FG991549
genomic: GTTCATGCTTTTACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... atatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
EST: GTTCATGCTTTTACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTTEST: gi|192327541|gb|FK020616.1|FK020616
genomic: GTTCATGCTTTTACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... atatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
EST: GTTCATGCTTTTACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGA TGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
genomic: GTTCATGCTTTTACTCAAGGATCTTCGGAGCCTTTGAGCCTTGAGATTGAgtaattgatt ... atatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTT
tgaattgtgtgctcactttgaaatgggatttggatgtggtttttgatatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTTCAAGAATTTGGATAAGCTTGTGAAGAAAATAGATGGGGATATCTTGTCT
tttttgatatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgcacaaaattttagagtcttccagatttggtttttttgttctgttgaattgtgtgctcactttgaaatgggatttggatgtggtttttgatatatgcagTGTTGGGGATTATGCTGGAGAGGATGGAGTCAGCAATTATTCTCAGCAGTTCAAGAATTTGGATAAGCTTGTGAAGAAAATAGATGGGGATATCTTGTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
tgcacaa
- - - - - - - - -tcttcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggatgtg